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万見
- PDB-3p0k: Structure of Baculovirus Sulfhydryl Oxidase Ac92 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0k
タイトルStructure of Baculovirus Sulfhydryl Oxidase Ac92
要素sulfhydryl oxidase
キーワードOxidoreductase / Viral protein / 4-helix bundle / 5-helix bundle / flavin adenine dinucleotide / sulfhydryl oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


thiol oxidase / thiol oxidase activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
FAD-linked sulfhydryl oxidase / Baculovirus P33
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / FAD-linked sulfhydryl oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Hakim, M. / Fass, D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure of a baculovirus sulfhydryl oxidase, a highly divergent member of the erv flavoenzyme family.
著者: Hakim, M. / Mandelbaum, A. / Fass, D.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5974
ポリマ－31,6831
非ポリマー9143
水3,513195
1
A: sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子

A: sulfhydryl oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1938
ポリマ－63,3662
非ポリマー1,8276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.765, 80.839, 65.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-299-

HOH

21A-329-

HOH

31A-385-

HOH

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要素

#1: タンパク質 sulfhydryl oxidase / 33 kDa early protein homolog / p33


分子量: 31682.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
遺伝子: Ac92, P33 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41480, thiol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 0.1 M acetic acid, 50 mM arginine-HCl, 750 mM NaCl, 5% ethanol, 24% PEG 5000-MME, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97692 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長波長: 0.97692 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→50 Å / Num. obs: 46687 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2322 / Rsym value: 1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.47→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2335 3259 RANDOM
Rwork0.208 --
obs-46375 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 62 195 2417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00538
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.95014
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.48 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3317 55
Rwork0.3316 -
obs-821

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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