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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nic | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Klebsiella pneumoniae RstA BeF3-activated N-terminal receiver domain | ||||||
要素 | DNA-binding transcriptional regulator RstA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION REGULATOR / Two-Component System / response regulator | ||||||
機能・相同性 | Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y.C. / Hsiao, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014 タイトル: Structural dynamics of the two-component response regulator RstA in recognition of promoter DNA element. 著者: Li, Y.C. / Chang, C.K. / Chang, C.F. / Cheng, Y.H. / Fang, P.J. / Yu, T. / Chen, S.C. / Li, Y.C. / Hsiao, C.D. / Huang, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nic.cif.gz | 102.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nic.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nic.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4nic_validation.pdf.gz | 465.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4nic_full_validation.pdf.gz | 474.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4nic_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4nic_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4nic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/4nic | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14430.747 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal receiver domain (UNP residues 2-119) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: rstA, KPN2242_10390, KPR_2822 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0GNT0 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-BEF / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.65 % |
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結晶化 | 温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97891 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月17日 |
放射 | モノクロメーター: LN2-cooled, fixed-exit double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 16342 / Num. obs: 15850 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 15.689 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.18→26.598 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 21.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.18→26.598 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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