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万見
- PDB-4ndp: Crystal structure Molybdenum Storage Protein with fully Mo-loaded... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndp
タイトルCrystal structure Molybdenum Storage Protein with fully Mo-loaded cavity
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Rossmann Fold / Molybdenum Storage / ATP Binding / Molybdenum Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8M0 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M10 / MOLYBDENUM ATOM / PHOSPHATE ION / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Poppe, J. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2014
タイトル: Structural diversity of polyoxomolybdate clusters along the three-fold axis of the molybdenum storage protein.
著者: Poppe, J. / Warkentin, E. / Demmer, U. / Kowalewski, B. / Dierks, T. / Schneider, K. / Ermler, U.
履歴
登録2013年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,83130
ポリマ－57,7562
非ポリマー6,07528
水8,593477
1
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,49290
ポリマ－173,2676
非ポリマー18,22684
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area36050 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area46740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.585, 115.585, 234.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-313-

MO

21B-314-

MO

31A-304-

M10

41A-304-

M10

51A-309-

MO

61B-519-

HOH

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / Mo storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28378.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: ATCC 13705 / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29376.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: ATCC 13705 / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 7種, 505分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#5: 化合物...
ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-M10 / (mu3-oxo)-tris(mu2-oxo)-nonakisoxo-trimolybdenum (VI) / Trimolybdate [Mo(VI)3O13]8-


分子量: 495.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo3O13
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0,1 M NaCitrate, 1.1 M (NH4)HCitrate, 0.1 M (NH4)H2PO4, 15% (v/v)EG, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 131006 / Num. obs: 131006 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.97 % / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 20119 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
REFMAC精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F6T

4f6t


解像度: 1.6→9.988 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1778 5994 5 %Random
Rwork0.1615 ---
all0.162 119879 --
obs0.1623 119879 99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→9.988 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3809 0 165 477 4451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0194201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9935781
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2591560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009731
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61810.21682080.22583680X-RAY DIFFRACTION98
1.6181-1.63710.24722000.22123700X-RAY DIFFRACTION98
1.6371-1.65690.22621630.21833728X-RAY DIFFRACTION98
1.6569-1.67780.24882080.20973697X-RAY DIFFRACTION98
1.6778-1.69980.22031940.19833736X-RAY DIFFRACTION98
1.6998-1.7230.19871850.18763714X-RAY DIFFRACTION98
1.723-1.74750.19941880.18843724X-RAY DIFFRACTION98
1.7475-1.77340.1891810.17813736X-RAY DIFFRACTION98
1.7734-1.80090.20881860.17433761X-RAY DIFFRACTION99
1.8009-1.83030.1961820.17643724X-RAY DIFFRACTION99
1.8303-1.86170.16582360.16523727X-RAY DIFFRACTION99
1.8617-1.89530.22131850.16683769X-RAY DIFFRACTION99
1.8953-1.93150.19022120.16593722X-RAY DIFFRACTION99
1.9315-1.97060.18961790.16533759X-RAY DIFFRACTION99
1.9706-2.01310.17741800.15933788X-RAY DIFFRACTION99
2.0131-2.05960.18491990.15843798X-RAY DIFFRACTION99
2.0596-2.11060.18742130.15943762X-RAY DIFFRACTION99
2.1106-2.16710.16922190.15393764X-RAY DIFFRACTION99
2.1671-2.23020.17691850.15033810X-RAY DIFFRACTION99
2.2302-2.30130.18522000.15363791X-RAY DIFFRACTION99
2.3013-2.38250.1621930.14713809X-RAY DIFFRACTION99
2.3825-2.47650.15952000.15763821X-RAY DIFFRACTION99
2.4765-2.58730.16092490.15033790X-RAY DIFFRACTION100
2.5873-2.72110.15172080.15243829X-RAY DIFFRACTION100
2.7211-2.88780.16331850.15143900X-RAY DIFFRACTION100
2.8878-3.10450.16412110.15253869X-RAY DIFFRACTION100
3.1045-3.40560.16252010.15563911X-RAY DIFFRACTION100
3.4056-3.8730.16452090.14613929X-RAY DIFFRACTION100
3.873-4.78840.15872180.14163983X-RAY DIFFRACTION100
4.7884-9.98840.21852170.19334154X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8474-0.0427-0.06110.77910.10171.0999-0.00510.11690.0246-0.1173-0.00270.1107-0.0022-0.15180.00530.1531-0.0098-0.0190.1163-0.02910.146348.910917.487118.7003
24.3697-0.5571-1.04654.14372.44261.5603-0.231-0.299-0.66920.4445-0.00780.2480.58110.00960.20050.3674-0.02780.02570.2213-0.00650.205844.4072-1.335413.3368
34.9477-1.4891-2.11093.50532.12172.5491-0.0468-0.0112-0.2239-0.0599-0.09920.31040.1102-0.1970.16280.2142-0.0161-0.04390.1307-0.0450.161443.68997.19879.6996
40.6189-0.1890.36080.4607-0.4011.9889-0.0065-0.064-0.0136-0.00810.01540.0838-0.0001-0.1962-0.0120.098-0.0173-0.00110.1375-0.00430.148936.875730.665341.7078
50.8190.12010.86610.48350.34222.04050.04470.0464-0.0497-0.06280.0052-0.02930.0380.0111-0.05680.1068-0.00110.01010.12120.00090.14143.470829.73536.112
62.5875-0.1223-0.2611.9730.35731.5229-0.05880.0341-0.2479-0.07090.03440.38230.1988-0.3838-0.02090.1255-0.0568-0.0050.19670.01060.191328.301519.746144.4017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 180 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 181 through 226 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 227 through 270 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 97 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 98 through 169 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 170 through 276 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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