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- PDB-4mhh: Crystal structure of Fab H5M9 in complex with influenza virus hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mhh
タイトルCrystal structure of Fab H5M9 in complex with influenza virus hemagglutinin from A/Viet Nam/1203/2004 (H5N1)
要素
  • (H5M9 antibody, ...) x 2
  • (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / H5N1 influenza virus / broadly neutralizing murine antibody / escape mutant / passive immunotherapy / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane ...viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / リボン / 抗体 / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン / ヘマグルチニン / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.564 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: A Unique and Conserved Neutralization Epitope in H5N1 Influenza Viruses Identified by an Antibody against the A/Goose/Guangdong/1/96 Hemagglutinin.
著者: Zhu, X. / Guo, Y.H. / Jiang, T. / Wang, Y.D. / Chan, K.H. / Li, X.F. / Yu, W. / McBride, R. / Paulson, J.C. / Yuen, K.Y. / Qin, C.F. / Che, X.Y. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
L: H5M9 antibody, light chain (kappa)
I: H5M9 antibody, light chain (kappa)
K: H5M9 antibody, light chain (kappa)
B: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
H: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
G: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
J: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,81333
ポリマ－320,44312
非ポリマー10,37021
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hemagglutinin HA1 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,19324
ポリマ－176,4876
非ポリマー9,70618
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area68980 Å2
手法PISA
3
L: H5M9 antibody, light chain (kappa)
H: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2063
ポリマ－47,9852
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
4
I: H5M9 antibody, light chain (kappa)
G: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2063
ポリマ－47,9852
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
5
K: H5M9 antibody, light chain (kappa)
J: H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2063
ポリマ－47,9852
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.007, 251.423, 230.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37948.020 Da / 分子数: 3 / 断片: receptor binding domain (UNP residues 17-346) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/viet nam/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33, UniProt: Q9Q0U6*PLUS
#3: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20881.104 Da / 分子数: 3 / 断片: membrane fusion domain (UNP residues 347-520) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/viet nam/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: pfastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33, UniProt: Q6J8F6*PLUS

-
抗体 , 2種, 6分子 LIKHGJ

#2: 抗体 H5M9 antibody, light chain (kappa)


分子量: 24049.486 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 H5M9 antibody, heavy chain (IgG1)


分子量: 23935.797 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
糖 , 5種, 21分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 2% PEG4000, 2.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月1日
放射モノクロメーター: double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.564→50 Å / Num. obs: 85101 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.564→3.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.94 / % possible all: 84.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3GBM, 2VL5, AND 1P7K

3gbm

2vl5

1p7k


解像度: 3.564→47.3 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 4209 5 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.203 84244 91.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.564→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22098 0 686 0 22784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01223382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55731757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1028641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0723572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014034
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.564-3.60470.5025290.4488578X-RAY DIFFRACTION20
3.6047-3.64710.50571090.47821860X-RAY DIFFRACTION64
3.6471-3.69160.44971450.38792268X-RAY DIFFRACTION79
3.6916-3.73830.43941280.44962304X-RAY DIFFRACTION80
3.7383-3.78740.36531280.35342568X-RAY DIFFRACTION88
3.7874-3.83930.42491400.36452598X-RAY DIFFRACTION89
3.8393-3.89410.43361370.36132563X-RAY DIFFRACTION89
3.8941-3.95220.3911340.33732676X-RAY DIFFRACTION91
3.9522-4.0140.33381430.27262782X-RAY DIFFRACTION95
4.014-4.07970.29611530.27022758X-RAY DIFFRACTION96
4.0797-4.150.29781140.25982852X-RAY DIFFRACTION97
4.15-4.22550.28091580.25692851X-RAY DIFFRACTION98
4.2255-4.30670.26091420.22612858X-RAY DIFFRACTION98
4.3067-4.39450.25251520.21052855X-RAY DIFFRACTION98
4.3945-4.490.21551280.19772884X-RAY DIFFRACTION98
4.49-4.59440.24221290.18562853X-RAY DIFFRACTION98
4.5944-4.70920.21171430.18662885X-RAY DIFFRACTION98
4.7092-4.83640.22831670.17942843X-RAY DIFFRACTION98
4.8364-4.97850.20811340.17542898X-RAY DIFFRACTION98
4.9785-5.1390.22781620.17362832X-RAY DIFFRACTION98
5.139-5.32250.21411730.16282834X-RAY DIFFRACTION98
5.3225-5.53530.19051560.16532865X-RAY DIFFRACTION98
5.5353-5.78680.20161440.16792856X-RAY DIFFRACTION98
5.7868-6.09130.2041560.17542857X-RAY DIFFRACTION98
6.0913-6.4720.21641480.17332864X-RAY DIFFRACTION98
6.472-6.97030.21211430.18392828X-RAY DIFFRACTION97
6.9703-7.66910.23971610.18312854X-RAY DIFFRACTION97
7.6691-8.77270.19611500.1582832X-RAY DIFFRACTION97
8.7727-11.02950.18461440.14162858X-RAY DIFFRACTION97
11.0295-47.30420.20821590.19052821X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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