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- PDB-4md4: Immune Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4md4
タイトルImmune Receptor
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • Aggrecan core protein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / HLA-DR / Antigen presentation (抗原提示) / T-cell receptor (T細胞受容体) / Citrullination (シトルリン化) / Membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / chondrocyte development / proteoglycan biosynthetic process / hyaluronic acid binding ...Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / keratan sulfate catabolic process / keratan sulfate biosynthetic process / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / chondrocyte development / proteoglycan biosynthetic process / hyaluronic acid binding / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / collagen fibril organization / 中間径フィラメント / transport vesicle membrane / extracellular matrix structural constituent / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / cartilage condensation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / 液性免疫 / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / 免疫シナプス / 基底膜 / ECM proteoglycans / PD-1 signaling / epidermis development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / detection of bacterium / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / T cell receptor binding / lysosomal lumen / 細胞外マトリックス / trans-Golgi network membrane / central nervous system development / skeletal system development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / 認識 / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Golgi lumen / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / heart development / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / 獲得免疫系 / positive regulation of viral entry into host cell / リソソーム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aggrecan/versican, C-type lectin-like domain / Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Aggrecan/versican, C-type lectin-like domain / Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / 抗体 / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Aggrecan core protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Scally, S.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2013
タイトル: A molecular basis for the association of the HLA-DRB1 locus, citrullination, and rheumatoid arthritis.
著者: Scally, S.W. / Petersen, J. / Law, S.C. / Dudek, N.L. / Nel, H.J. / Loh, K.L. / Wijeyewickrema, L.C. / Eckle, S.B. / van Heemst, J. / Pike, R.N. / McCluskey, J. / Toes, R.E. / La Gruta, N.L. ...著者: Scally, S.W. / Petersen, J. / Law, S.C. / Dudek, N.L. / Nel, H.J. / Loh, K.L. / Wijeyewickrema, L.C. / Eckle, S.B. / van Heemst, J. / Pike, R.N. / McCluskey, J. / Toes, R.E. / La Gruta, N.L. / Purcell, A.W. / Reid, H.H. / Thomas, R. / Rossjohn, J.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain
C: Aggrecan core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0009
ポリマ－46,9473
非ポリマー1,0536
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.091, 182.580, 77.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-741-

HOH

21B-785-

HOH

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Domain, UNP residues 26-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-4 beta chain / MHC class II antigen DRB1*4 / DR-4 / DR4


分子量: 23224.617 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular Domain, UNP residues 30-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13760, UniProt: P01911*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Aggrecan core protein / Cartilage-specific proteoglycan core protein / CSPCP / Chondroitin sulfate proteoglycan core ...Cartilage-specific proteoglycan core protein / CSPCP / Chondroitin sulfate proteoglycan core protein 1 / Chondroitin sulfate proteoglycan 1 / Aggrecan core protein 2


分子量: 1802.916 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 89-103 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is from human aggrecan and contains citrulline at positions 93 and 95
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16112

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 473分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→62.97 Å / Num. obs: 34301 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.122
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→45.077 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 1718 5.01 %
Rwork0.1647 --
obs0.167 34283 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.077 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3168 0 68 470 3706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1064555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.21226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004592
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.00740.3125950.24022285X-RAY DIFFRACTION82
2.0074-2.07220.24411250.212473X-RAY DIFFRACTION90
2.0722-2.14620.24121380.18332669X-RAY DIFFRACTION97
2.1462-2.23220.2181350.17022776X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.33380.22911650.16362725X-RAY DIFFRACTION100
2.3338-2.45680.2091470.16832742X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.61070.23591360.17632794X-RAY DIFFRACTION100
2.6107-2.81230.26431440.18012764X-RAY DIFFRACTION100
2.8123-3.09520.23091540.17722788X-RAY DIFFRACTION100
3.0952-3.54290.18631720.15692784X-RAY DIFFRACTION100
3.5429-4.46310.17281550.13192827X-RAY DIFFRACTION100
4.4631-45.08870.17131520.14572938X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0711-0.2577-0.58625.6113-0.07480.3589-0.1585-0.1848-0.05830.10280.21280.1287-0.03840.0650.00540.07450.0026-0.0010.12650.00930.058941.721626.5723-3.902
22.2973-0.2425-0.45072.6572-1.05942.127-0.0248-1.0589-0.37780.6526-0.0067-0.2732-0.0767-0.1553-0.01520.18580.0049-0.01410.27930.12870.173641.257118.55625.8582
31.76580.54770.00341.8707-0.30730.6662-0.0834-0.08330.10470.00790.0666-0.2776-0.11530.1610.01030.1379-0.0122-0.00450.132-0.06340.071546.686238.5161-6.3218
43.21620.3628-1.09323.2415-0.41542.924-0.281-0.234-0.5099-0.17460.18310.54940.5614-0.14470.17250.18840.00180.06390.25320.03520.201714.268421.41795.0246
52.26681.2438-0.93481.7404-0.7260.6929-0.1405-0.112-0.13050.11530.1024-0.01770.0689-0.09940.02820.10790.03360.01870.12290.01240.066424.521931.14483.1396
61.3419-0.1275-0.44561.1693-0.65750.7387-0.1234-0.2287-0.11150.19150.1150.04410.06270.08580.03620.14890.02340.01050.15980.00140.054327.163728.46463.4843
72.44130.2571-0.08923.1025-0.47922.23790.0662-0.81130.2650.62230.19230.6481-0.4771-0.1080.07910.22580.02390.18370.2233-0.04160.154914.328431.84229.4265
85.23933.4225-2.66825.8879-1.91812.65870.12250.33580.75710.12410.32391.126-0.1546-0.3794-0.25810.16140.0387-0.00470.16170.00490.160815.763634.67691.5805
92.1110.3177-0.90881.4869-0.20431.1-0.0503-0.0048-0.1072-0.0721-0.019-0.0002-0.0010.01570.07560.07120.0078-0.02180.0732-0.01910.047645.183327.1721-14.4037
103.1487-4.9969-0.78358.20991.00880.88770.17730.38140.2346-0.2656-0.1469-0.2882-0.19370.1470.01840.1124-0.02340.01310.1554-0.00440.109256.124933.9445-19.1177
111.85420.2524-0.31841.3674-0.20651.4529-0.0857-0.0409-0.67480.0429-0.0361-0.07220.00190.01860.06230.09730.04540.03330.08870.01690.230851.679414.5725-9.8725
123.43610.37341.04051.13250.1830.4679-0.0618-0.3826-0.3035-0.15710.07520.028-0.0327-0.1675-0.02430.13740.02360.05820.14210.06990.178612.704812.3132-5.3275
131.7197-0.8120.48510.789-0.12211.1895-0.0431-0.098-0.5871-0.02230.11970.26660.066-0.1572-0.05290.1237-0.00710.03640.11880.07640.28510.96839.7255-8.3423
143.18081.7561-1.80256.7662-4.14095.2281-0.0273-0.3294-0.45920.3971-0.4437-0.7433-0.16480.44870.41740.11340.006-0.03080.19670.03030.169953.265122.6946-5.0523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 123 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 155 through 166 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 167 through 184 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 51 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 52 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 89 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 90 through 133 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 134 through 190 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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