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- PDB-4lub: X-ray structure of prephenate dehydratase from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lub
タイトルX-ray structure of prephenate dehydratase from Streptococcus mutans
要素Putative prephenate dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / dehydratase (脱水酵素) / dehydration (脱水反応)
機能・相同性
機能・相同性情報


prephenate dehydratase / prephenate dehydratase activity / L-phenylalanine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Prephenate dehydratase signature 2. / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Prephenate dehydratase signature 2. / Prephenate dehydratase, conserved site / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase / Prephenate dehydratase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prephenate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shin, H.H. / Ku, H.K. / Song, J.S. / Choi, S. / Son, S.Y.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray structure of prephenate dehydratase from Streptococcus mutans
著者: Shin, H.H. / Ku, H.K. / Song, J.S. / Choi, S. / Son, S.Y.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative prephenate dehydratase
B: Putative prephenate dehydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3592
ポリマ－62,3592
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.813, 57.963, 85.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-387-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative prephenate dehydratase /


分子量: 31179.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (ストレプトコッカス・ミュータンス)
株: UA159 / 遺伝子: pheA, SMU_786 / プラスミド: PET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DUV6, prephenate dehydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% polyethylene glycol 8000, 100mM magnesium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2399 Å
検出器タイプ: Photonic science VHR CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日
放射モノクロメーター: DMM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2399 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→34.9 Å / Num. all: 25696 / Num. obs: 25692 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0871 / Net I/σ(I): 14.86
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.0871 / Mean I/σ(I) obs: 14.86 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→34.877 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1309 5.1 %
Rwork0.19 --
obs0.1915 25655 99.81 %
all-25696 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3031 0 0 228 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063132
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2664255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3251121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.18410.281300.23712690X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.28350.23751290.21272697X-RAY DIFFRACTION100
2.2835-2.40390.22041470.19912695X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.55450.24611400.20552681X-RAY DIFFRACTION100
2.5545-2.75160.22711610.2052675X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-3.02840.25441400.1972721X-RAY DIFFRACTION100
3.0284-3.46630.19281690.17732693X-RAY DIFFRACTION100
3.4663-4.36580.1831430.1652717X-RAY DIFFRACTION100
4.3658-34.88190.2281500.19112777X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2841 Å / Origin y: 13.5826 Å / Origin z: 18.2263 Å
111213212223313233
T0.1491 Å2-0.0045 Å2-0.0195 Å2-0.111 Å20.0084 Å2--0.1234 Å2
L0.5728 °20.2954 °2-0.1353 °2-0.8334 °20.0233 °2--0.4815 °2
S-0.0526 Å °-0.0321 Å °0.0394 Å °-0.1861 Å °0.0663 Å °0.1089 Å °-0.0011 Å °0.0137 Å °-0.0008 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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