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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lsf | ||||||
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タイトル | Ion selectivity of OmpF soaked in 0.1M KBr | ||||||
要素 | Outer membrane protein F | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / porin (ポリン (タンパク質)) / outer membrane protein / beta-barrel (Βバレル) / ion transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / monoatomic ion channel activity / lipid binding / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Balasundaresan, D. / Blachowicz, L. / Roux, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 タイトル: A structural study of ion permeation in OmpF porin from anomalous X-ray diffraction and molecular dynamics simulations. 著者: Dhakshnamoorthy, B. / Ziervogel, B.K. / Blachowicz, L. / Roux, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lsf.cif.gz | 145.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lsf.ent.gz | 114.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lsf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37171.301 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0929, cmlB, coa, cry, JW0912, ompF, tolF / プラスミド: PPR272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: P02931 #2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50% PEG200, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91956 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91956 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 61382 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OMF 解像度: 1.9→29.158 Å / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.88 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.774 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.158 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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