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- PDB-4kte: Fab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kte
タイトルFab fragment of HIV vaccine-elicited CD4bs-directed antibody, GE148, from non-human primate
要素
  • GE148 Heavy Chain Fab
  • GE148 Light Chain Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody Affinity / Antibody Specificity / Vaccine Elicited Antibodies / Fab fragment / AIDS Vaccines (HIVワクチン)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Poulsen, C. / Tran, K. / Stanfield, R. / Wyatt, R.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Vaccine-elicited primate antibodies use a distinct approach to the HIV-1 primary receptor binding site informing vaccine redesign.
著者: Tran, K. / Poulsen, C. / Guenaga, J. / de Val Alda, N. / Wilson, R. / Sundling, C. / Li, Y. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Ward, A.B. / Karlsson Hedestam, G.B. / Wyatt, R.T.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: GE148 Heavy Chain Fab
L: GE148 Light Chain Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8316
ポリマ－48,4512
非ポリマー3804
水8,935496
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.710, 72.040, 175.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 GE148 Heavy Chain Fab


分子量: 24822.838 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: CMV-R expression plasmid / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 GE148 Light Chain Fab


分子量: 23628.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / プラスミド: CMV-R expression plasmid / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.17M NH4SO4, 25.5%(w/v) PEG4000, 15%(v/v) Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 51295 / Num. obs: 51192 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.458 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.09
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.850.4974.062899839821100
1.85-1.90.3795.292596235661100
1.9-20.2647.444471661281100
2-2.40.14713.0311396615601199.9
2.4-2.80.08121.89580517985199.9
2.8-40.03939.93643519046199.7
4-80.02852.92292654257199.4
8-150.02555.163560566199.5
15-200.02451.3834961198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8897 / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 2560 5 %Random
Rwork0.1647 ---
obs0.1662 51191 99.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.208 Å2 / ksol: 0.389 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 80.58 Å2 / Biso mean: 25.9475 Å2 / Biso min: 8.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6899 Å20 Å2-0 Å2
2--5.0094 Å20 Å2
3----2.3195 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 21 496 3776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1544593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079521
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.91181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.83460.20771390.188626472786100
1.8346-1.8720.24111400.194826622802100
1.872-1.91270.24521400.183526572797100
1.9127-1.95710.23071420.173226922834100
1.9571-2.0060.21591400.160526622802100
2.006-2.06020.20171400.159426612801100
2.0602-2.12080.24571410.163126822823100
2.1208-2.18910.19861410.160126712812100
2.1891-2.26730.19261420.159226982840100
2.2673-2.35790.18251400.16426602800100
2.3579-2.4650.18821420.16526922834100
2.465-2.59470.20151410.168526952836100
2.5947-2.75690.23261420.177926952837100
2.7569-2.96920.221430.168627202863100
2.9692-3.26680.18841450.169827492894100
3.2668-3.73680.18241430.15712713285699
3.7368-4.69780.14961460.137227772923100
4.6978-19.94140.17691530.18112898305199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5778-1.9611-0.94431.6948-0.08563.2957-0.00540.27260.0598-0.0466-0.0118-0.02190.08320.0873-0.01470.0883-0.016700.0742-0.02210.069912.8206-29.9237-24.8716
23.1255-0.1437-0.35142.18690.29752.4236-0.1767-0.2075-0.12690.04940.0975-0.11110.1480.19890.08050.06650.01130.00250.0896-0.00450.066518.5987-28.0906-13.8152
36.3139-1.3355-0.88122.1924-0.31082.423-0.22960.0012-0.43570.05050.13910.03010.23790.02010.10020.0941-0.02550.01930.0852-0.0340.094512.8015-32.584-19.4014
40.16780.17020.78170.75640.53143.7452-0.25770.626-0.06010.03840.2693-0.1749-0.13450.59290.03570.0952-0.0086-0.0080.1016-0.02140.132322.8479-22.4739-17.039
58.57011.72396.51180.95831.24294.95130.04890.051-0.05870.01080.06350.07580.19330.0912-0.1230.10340.0202-0.01990.1237-0.02460.134828.6799-19.2145-10.3058
61.0265-1.06150.70441.6399-0.34294.2257-0.07320.04020.072-0.03680.08580.12150.1035-0.2409-0.00490.0911-0.03580.00540.09190.00780.10822.3843-25.2356-27.962
71.394-0.0505-0.2252.2318-0.62462.28210.05560.03570.2493-0.15160.1866-0.2872-0.2727-0.0121-0.16510.1244-0.03250.04680.073-0.02390.16243.771-13.1462-41.744
83.43672.1746-2.71825.6497-4.6316.73490.06190.21370.166-0.70820.0601-0.11980.40620.0719-0.10430.27070.00510.03770.1036-0.02410.13646.6159-19.5003-47.8529
93.00630.08030.4412.3874-0.03442.3773-0.14080.02580.3264-0.11930.03890.0359-0.27590.13880.0710.1299-0.0315-0.04370.11150.0070.128421.9744-6.6387-11.5552
101.78470.39640.78313.89190.95563.65010.0083-0.0070.00270.01120.04880.2299-0.2556-0.0923-0.04150.1246-0.0001-0.00330.06840.01610.1151-5.5086-2.1702-39.7597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 2:25 )H2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 26:74 )H26 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 75:92 )H75 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 93:104 )H93 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 105:116 )H105 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 117:126 )H117 - 126
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 134:201 )H134 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 202:213 )H202 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 2:115 )L2 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 116:208 )L116 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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