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万見
- PDB-4jeo: Crystal structure of red fluorescent protein lanRFPdam exposed to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jeo
タイトルCrystal structure of red fluorescent protein lanRFPdam exposed to prolonged X-ray irradiation
要素Red fluorescent protein blFP-R5
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / lanRFP / red fluorescent protein / beta-barrel / Gly-Tyr-Gly chromophore / cephalochordate
機能・相同性Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / bioluminescence / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein blFP-R5
機能・相同性情報
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the red fluorescent protein from a lancelet (Branchiostoma lanceolatum): a novel GYG chromophore covalently bound to a nearby tyrosine.
著者: Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Lukyanov, K.A. / Souslova, E.A. / Fradkov, A.F. / Chudakov, D.M. / Chepurnykh, T. / Yampolsky, I.V. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2013年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein blFP-R5
B: Red fluorescent protein blFP-R5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6743
ポリマ－51,5822
非ポリマー921
水5,783321
1
A: Red fluorescent protein blFP-R5
B: Red fluorescent protein blFP-R5
ヘテロ分子

A: Red fluorescent protein blFP-R5
B: Red fluorescent protein blFP-R5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3486
ポリマ－103,1644
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area32150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.274, 134.274, 156.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-100-

HIS

-
要素

#1: タンパク質 Red fluorescent protein blFP-R5


分子量: 25791.004 Da / 分子数: 2 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
遺伝子: blFP-R5 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PND0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 9 mg/ml of lanRFP in 20 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM EDTA mixed with an equal amount of reservoir solution - 1M Na-citrate, 0.1M Tris pH 7.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→30 Å / Num. all: 31762 / Num. obs: 35065 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.34-2.425.70.62734380.94199
2.42-2.525.70.5234430.949198.9
2.52-2.645.70.44334620.976199.3
2.64-2.775.70.34434590.965199.3
2.77-2.955.70.25534921.002199.5
2.95-3.185.60.17935161.047199.7
3.18-3.495.60.10435230.985199.7
3.49-45.60.07535550.983199.3
4-5.035.60.05435570.896198.3
5.03-305.50.04336200.966194.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP9.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HVF

4hvf


解像度: 2.35→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.1841 / WRfactor Rwork: 0.1406 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.898 / SU R Cruickshank DPI: 0.1777 / SU Rfree: 0.1683 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1981 1340 4 %RANDOM
Rwork0.1497 ---
obs0.1516 33102 93.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.48 Å2 / Biso mean: 19.2455 Å2 / Biso min: 3.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3496 0 6 321 3823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0213663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9931.944959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9645444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13524.393173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27915605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3111510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3111.52182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.47923509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.23231481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.7084.51444
LS精密化 シェル解像度: 2.346→2.407 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 71 -
Rwork0.186 1628 -
all-1699 -
obs-1699 66.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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