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万見
- PDB-4dkm: Crystal Structure of Amphioxus GFPc1a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dkm
タイトルCrystal Structure of Amphioxus GFPc1a
要素Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-can / chromophore
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Deheyn, D.D. / Bomati, E.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Fluorescent proteins in Amphioxus have strickingly different brightness, yet only few (but key) molecular differences
著者: Bomati, E.K. / Haley, J.E. / Noel, J.P. / Deheyn, D.D.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
B: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
C: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
D: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
E: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
F: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
G: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
H: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,2128
ポリマ－189,2128
非ポリマー00
水10,467581
1
A: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
B: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
F: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
G: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6064
ポリマ－94,6064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area31160 Å2
手法PISA
2
C: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
E: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a

D: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a
H: Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6064
ポリマ－94,6064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_453-x-1,y,-z-21
Buried area7610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.760, 130.460, 106.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Amphioxus Green Fluorescent Protein, GFPc1a


分子量: 23651.479 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma floridae (ナメクジウオ)
遺伝子: BRAFLDRAFT_75523 / プラスミド: T7like / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C3YRA3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 28% PEG 8000, 1M NACL, 100MM HEPES, , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月29日
放射モノクロメーター: Double Crystal, Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 123007 / Num. obs: 122637 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G3O

2g3o


解像度: 1.95→45.02 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.3204 5703 Random
Rwork0.2932 --
all-112872 -
obs-103390 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13376 0 0 581 13957

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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