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- PDB-4iyg: Structure of strictosidine synthase in complex with 2-(1H-INDOL-3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iyg
タイトルStructure of strictosidine synthase in complex with 2-(1H-INDOL-3-YL)-N-METHYLETHANAMINE
要素Strictosidine synthase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / strictosidine synthase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / 液胞 / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Strictosidine synthase, conserved region / Strictosidine synthase / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(1H-indol-3-yl)-N-methylethanamine / Strictosidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rauvolfia serpentina (インドジャボク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Stoeckigt, J. / Fangrui, W. / Wang, M. / Rajendran, C.
引用ジャーナル: Curr.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Using Strictosidine Synthase to Prepare Novel Alkaloids.
著者: Zhu, H. / Kercmar, P. / Wu, F. / Rajendran, C. / Sun, L. / Wang, M. / Stockigt, J.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32016年2月24日Group: Database references
改定 1.42016年8月3日Group: Data collection

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strictosidine synthase
B: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5613
ポリマ－67,3872
非ポリマー1741
水2,108117
1
A: Strictosidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8682
ポリマ－33,6941
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Strictosidine synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6941
ポリマ－33,6941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.230, 150.230, 122.101
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Strictosidine synthase /


分子量: 33693.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rauvolfia serpentina (インドジャボク)
遺伝子: STR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68175, strictosidine synthase
#2: 化合物 ChemComp-1HU / 2-(1H-indol-3-yl)-N-methylethanamine / N-メチルトリプタミン / N-Methyltryptamine


分子量: 174.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.74 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.296 Å / Num. obs: 27655 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.1_1168) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.702→38.296 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 2.01 / σ(I): 2 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1382 5 %5%
Rwork0.2117 ---
all0.2137 ---
obs0.2137 27655 98.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→38.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4759 0 13 117 4889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094905
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3076669
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0941753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.702-2.79860.39671310.33292496X-RAY DIFFRACTION94
2.7986-2.91060.34891400.30652662X-RAY DIFFRACTION99
2.9106-3.0430.36521390.29032643X-RAY DIFFRACTION99
3.043-3.20330.32771410.26012672X-RAY DIFFRACTION99
3.2033-3.40390.28241390.23112648X-RAY DIFFRACTION99
3.4039-3.66650.24371390.2062639X-RAY DIFFRACTION99
3.6665-4.03520.23391390.18982647X-RAY DIFFRACTION99
4.0352-4.61820.20461400.15942647X-RAY DIFFRACTION99
4.6182-5.81520.20041370.16892614X-RAY DIFFRACTION98
5.8152-38.30010.20181370.18892605X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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