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- PDB-4iaq: Crystal structure of the chimeric protein of 5-HT1B-BRIL in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iaq
タイトルCrystal structure of the chimeric protein of 5-HT1B-BRIL in complex with dihydroergotamine (PSI Community Target)
要素Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
キーワードSignaling Protein / Electron Transport (電子伝達系) / dihydroergotamine (ジヒドロエルゴタミン) / Novel protein engineering / GPCR Network / Membrane protein (膜タンパク質) / PSI-Biology / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / GPCR Dock
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonergic synapse / regulation of behavior / セロトニン受容体 / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / G protein-coupled serotonin receptor complex / serotonergic synapse / regulation of behavior / セロトニン受容体 / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to mineralocorticoid / negative regulation of serotonin secretion / 急性アルコール中毒 / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / bone remodeling / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled serotonin receptor activity / 血管収縮 / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor internalization / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of dopamine secretion / heterocyclic compound binding / cellular response to alkaloid / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / ヘルト萼状シナプス / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / response to cocaine / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / response to ethanol / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / 樹状突起 / heme binding / 小胞体 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...5-Hydroxytryptamine 1B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ジヒドロエルゴタミン / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X. / Vardy, E. ...Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, E.X. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / Yang, H. / Yang, L. / Jiang, H. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Xu, H.E. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural basis for molecular recognition at serotonin receptors.
著者: Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X.P. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / ...著者: Wang, C. / Jiang, Y. / Ma, J. / Wu, H. / Wacker, D. / Katritch, V. / Han, G.W. / Liu, W. / Huang, X.P. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Gao, X. / Zhou, X.E. / Melcher, K. / Zhang, C. / Bai, F. / Yang, H. / Yang, L. / Jiang, H. / Roth, B.L. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / Xu, H.E.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1012
ポリマ－45,5171
非ポリマー5841
水905
1
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2014
ポリマ－91,0342
非ポリマー1,1672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1980 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area36360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.740, 192.579, 74.341
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 1B and E. Coli soluble cytochrome b562 / / 5-HT-1B / 5-HT1B / S12 / Serotonin 1D beta receptor / 5-HT-1D-beta / Serotonin receptor 1B


分子量: 45517.031 Da / 分子数: 1 / 変異: L138W, M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: 5HT1B_HUMAN, HTR1B, HTR1DB, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P28222, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-2GM / Dihydroergotamine / ジヒドロエルゴタミン / ジヒドロエルゴタミン


分子量: 583.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N5O5 / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 56

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.7
詳細: 100 mM Tris pH 8.7, 32-36% (v/v) PEG400, 90 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 120 mM ammonium sulfate , Lipid Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-D11.033
シンクロトロンAPS 21-ID-D21.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年8月1日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年8月1日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 14244 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 79.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 72.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIY

4eiy


解像度: 2.8→35.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9159 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8941 / SU R Cruickshank DPI: 0.873 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 647 4.98 %RANDOM
Rwork0.2364 ---
obs0.2374 12993 84.42 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6669 Å20 Å20 Å2
2--0.0641 Å20 Å2
3----12.731 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.578 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 43 5 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012869HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.093948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1227SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes421HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2869HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion415SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3541SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 60 4.61 %
Rwork0.2566 1242 -
all0.2579 1302 -
obs--84.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8862-0.17590.12463.0338-0.40224.8226-0.126-0.0613-0.1410.1702-0.071-0.0915-0.1182-0.18360.1970.3862-0.0442-0.0497-0.1934-0.0149-0.3437-21.5753-3.638319.2809
23.98330.4063-3.8597.42350.67679.3765-0.005-0.2546-0.7722-0.1783-0.11320.50020.39991.08850.1182-0.16810.227-0.21310.0899-0.10210.3062-7.1107-46.386929.0148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|38 - A|387 }A38 - 387
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001- A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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