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- PDB-5hab: Crystal structure of mpy-RNase J (mutant H84A), an archaeal RNase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hab
タイトルCrystal structure of mpy-RNase J (mutant H84A), an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15, complex with RNA
要素
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
  • Ribonuclease J
キーワードHYDROLASE / exoribonuclease / beta-CASP / MBL / RNase J
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, archaea / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Beta-lactamase superfamily domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Ribonuclease J
類似検索 - 構成要素
生物種Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, D.F. / Feng, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular insights into catalysis and processive exonucleolytic mechanisms of prokaryotic RNase J revealing striking parallels with that of eukaryotic Xrn1
著者: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D.F. / Li, J. / Dong, X.Z.
履歴
登録2015年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J
B: Ribonuclease J
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,29313
ポリマ－107,4294
非ポリマー8659
水5,080282
1
A: Ribonuclease J
B: Ribonuclease J
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子

A: Ribonuclease J
B: Ribonuclease J
C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,58726
ポリマ－214,8588
非ポリマー1,72918
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area22600 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area67530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.680, 169.680, 167.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-725-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease J / RNase J


分子量: 52113.383 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-448 / 変異: H84A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanolobus psychrophilus R15 (古細菌)
遺伝子: rnj, Mpsy_0886 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: K4MAF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1601.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8M ammonium sulfate, 3% glycerol / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97845 Å
検出器タイプ: PHILLIPS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月18日
放射モノクロメーター: doubel crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97845 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→84.84 Å / Num. obs: 63078 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.919 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV_1980精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→55.21 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 3119 4.95 %
Rwork0.206 --
obs0.208 63052 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→55.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7142 222 45 282 7691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057560
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93710291
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1272822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33590.36061340.29692696X-RAY DIFFRACTION100
2.3359-2.37420.32761370.27552678X-RAY DIFFRACTION100
2.3742-2.41520.31531290.27552706X-RAY DIFFRACTION100
2.4152-2.45910.33461340.26822706X-RAY DIFFRACTION100
2.4591-2.50640.32671120.26422730X-RAY DIFFRACTION100
2.5064-2.55760.30991340.24512694X-RAY DIFFRACTION100
2.5576-2.61320.27371270.24192709X-RAY DIFFRACTION100
2.6132-2.67390.31581410.25522684X-RAY DIFFRACTION100
2.6739-2.74080.30371540.25492704X-RAY DIFFRACTION100
2.7408-2.81490.31151250.25692699X-RAY DIFFRACTION100
2.8149-2.89770.2961520.24112706X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.99130.30021570.23782699X-RAY DIFFRACTION100
2.9913-3.09820.29141420.22342710X-RAY DIFFRACTION100
3.0982-3.22220.27651440.22232714X-RAY DIFFRACTION100
3.2222-3.36880.22571560.21312686X-RAY DIFFRACTION100
3.3688-3.54640.25981440.20662740X-RAY DIFFRACTION100
3.5464-3.76860.20841550.19362713X-RAY DIFFRACTION99
3.7686-4.05950.22191540.18212728X-RAY DIFFRACTION99
4.0595-4.46780.21141440.16592755X-RAY DIFFRACTION99
4.4678-5.11390.1681350.15552767X-RAY DIFFRACTION99
5.1139-6.44140.21791420.18882797X-RAY DIFFRACTION99
6.4414-55.22170.19461670.18732912X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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