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- PDB-5haa: Crystal structure of mpy-RNase J, an archaeal RNase J from Methan... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5haa | ||||||
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Title | Crystal structure of mpy-RNase J, an archaeal RNase J from Methanolobus psychrophilus R15 | ||||||
![]() | Ribonuclease J | ||||||
![]() | HYDROLASE / exoribonuclease / beta-CASP / MBL | ||||||
Function / homology | ![]() 5'-3' RNA exonuclease activity / RNA catabolic process / Hydrolases; Acting on ester bonds / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feng, N. / Li, D.F. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular insights into catalysis and processive exonucleolytic mechanisms of prokaryotic RNase J revealing striking parallels with that of eukaryotic Xrn1 Authors: Zheng, X. / Feng, N. / Li, D.F. / Li, J. / Dong, X.Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 374.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 312 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5habC ![]() 3zq4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52180.453 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 2-448 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: rnj, Mpsy_0886 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: K4MAF9, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: The crystal was grown in the solution containing 2M (NH4)2SO4 and 2%-5% glycerol. PH range: 7.0-8.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 23, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97853 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→50 Å / Num. obs: 31664 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 39 % / Biso Wilson estimate: 92.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 38.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 41.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3ZQ4 Resolution: 2.904→39.033 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.904→39.033 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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