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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i78 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a subtype H17 hemagglutinin homologue from A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010 (H17N10) | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / influenza vrus / hemagglutinin homologue / H17 / ectodomain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu, X. / Wilson, I.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Hemagglutinin homologue from H17N10 bat influenza virus exhibits divergent receptor-binding and pH-dependent fusion activities. 著者: Zhu, X. / Yu, W. / McBride, R. / Li, Y. / Chen, L.M. / Donis, R.O. / Tong, S. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i78.cif.gz | 204.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i78.ent.gz | 164 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i78.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/4i78 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3ubqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36696.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010 (H17N10) 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBACHT-A / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: H6QM93 #2: タンパク質 | 分子量: 20749.148 Da / 分子数: 2 / Mutation: A47G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010 (H17N10) 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBACHT-A / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): HI5 / 参照: UniProt: H6QM93 #3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 1M LiCl2, and 15% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月11日 |
放射 | モノクロメーター: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.18→50 Å / Num. obs: 24997 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 3.18→3.27 Å / % possible all: 91.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UBQ 解像度: 3.18→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 20.254 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.649 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.18→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.181→3.264 Å / Total num. of bins used: 20
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