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万見
- PDB-4hvf: Crystal structure of green fluorescent protein lanGFP(Branchiosto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hvf
タイトルCrystal structure of green fluorescent protein lanGFP(Branchiostoma Lanceolatum)
要素Green fluorescent protein blFP-Y6
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / lanGFP / green fluorescent protein (緑色蛍光タンパク質) / beta-barrel (Βバレル) / Gly-Tyr-Gly chromophore / Biomarker / cephalochordate (頭索動物)
機能・相同性
機能・相同性情報


緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein blFP-Y1 / Green fluorescent protein blFP-Y6
類似検索 - 構成要素
生物種Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Pletnev, S.V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the red fluorescent protein from a lancelet (Branchiostoma lanceolatum): a novel GYG chromophore covalently bound to a nearby tyrosine.
著者: Pletnev, V.Z. / Pletneva, N.V. / Lukyanov, K.A. / Souslova, E.A. / Fradkov, A.F. / Chudakov, D.M. / Chepurnykh, T. / Yampolsky, I.V. / Wlodawer, A. / Dauter, Z. / Pletnev, S.
履歴
登録2012年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein blFP-Y6
B: Green fluorescent protein blFP-Y6
C: Green fluorescent protein blFP-Y6
D: Green fluorescent protein blFP-Y6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7536
ポリマ－103,5694
非ポリマー1842
水11,025612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.187, 105.802, 121.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein blFP-Y6


分子量: 25892.131 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal / 変異: P2L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
遺伝子: blFP-Y6 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1PNB8, UniProt: B1PNC3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM EDTA mixed with an equal amount of reservoir solutions: 0.2M MgCl2x6H2O, 0.1M BIS-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 101261 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.776.40.41595780.975195.3
1.77-1.847.40.322100651.0231100
1.84-1.937.40.217100601.0081100
1.93-2.037.50.155100841.0521100
2.03-2.157.50.12100961.0831100
2.15-2.327.50.099101281.0391100
2.32-2.557.50.085101480.981100
2.55-2.927.50.075102090.9631100
2.92-3.687.50.079102910.9821100
3.68-507.20.053106020.961199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G3O

2g3o


解像度: 1.7→26.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2208 / WRfactor Rwork: 0.1848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8699 / SU R Cruickshank DPI: 0.104 / SU Rfree: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 1013 1 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.177 100954 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.58 Å2 / Biso mean: 18.0593 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7096 0 12 612 7720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0227607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1271.9410385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.503332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8085933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.86524.361360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.649151227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.641526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0215996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.471.54542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.31827413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.25633065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.694.52962
LS精密化 シェル解像度: 1.705→1.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 61 -
Rwork0.245 6882 -
all-6943 -
obs--94.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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