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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hon | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human JMJD2D/KDM4D in complex with an H3K9me3 peptide and 2-oxoglutarate | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Jumonji C demethylase / JMJD2/KDM4 family / beta barrel fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization ...positive regulation of chromatin binding / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / Chromatin modifying enzymes / pericentric heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / cellular response to ionizing radiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein phosphorylation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / site of double-strand break / 遺伝子発現 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / blood microparticle / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / damaged DNA binding / クロマチンリモデリング / cadherin binding / 炎症 / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / クロマチン / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å | ||||||
データ登録者 | Krishnan, S. / Trievel, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Structural and Functional Analysis of JMJD2D Reveals Molecular Basis for Site-Specific Demethylation among JMJD2 Demethylases. 著者: Krishnan, S. / Trievel, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hon.cif.gz | 163.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hon.ent.gz | 126.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hon.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/4hon | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABFG
#1: タンパク質 | 分子量: 38137.164 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 12-341 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JHDM3D, JMJD2D, KDM4D / プラスミド: pHT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Rosetta 2) 参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6B0I6, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1021.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 437分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SCN / #7: 化合物 | ChemComp-NO3 / #8: 化合物 | ChemComp-PDO / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.94 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 7% PEG 3350, 0.1M sodium thiocyanate, 0.35M potassium nitrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277.15K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.799→25 Å / Num. obs: 89438 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Q8C 解像度: 1.799→24.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.006 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 72.19 Å2 / Biso mean: 20.5226 Å2 / Biso min: 8.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.799→24.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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