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万見
- PDB-4hit: Crystal structure of H112W mutant of borna disease virus matrix p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hit
タイトルCrystal structure of H112W mutant of borna disease virus matrix protein
要素Matrix protein基質タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL MATRIX PROTEIN (基質タンパク質) / RNA BINDING (リボ核酸) / MEMBRANE BINDING / VIRUSES (ウイルス) / SSRNA (リボ核酸) / NEGATIVE-STRAND VIRUSES / MONONEGAVIRALES (モノネガウイルス目) / BORNAVIRIDAE / BORNA VIRUS / VIRION (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Borna disease virus, matrix protein / Matrix protein, Bornaviridae / Matrix protein superfamily / ssRNA-binding matrix protein of Bornaviridae / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
基質タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Matrix protein variants provide support for alternative borna disease virus infection pathway
著者: Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein
D: Matrix protein
C: Matrix protein
B: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,23915
ポリマ－65,3044
非ポリマー93511
水2,450136
1
A: Matrix protein
D: Matrix protein
C: Matrix protein
B: Matrix protein
ヘテロ分子

A: Matrix protein
D: Matrix protein
C: Matrix protein
B: Matrix protein
ヘテロ分子

A: Matrix protein
D: Matrix protein
C: Matrix protein
B: Matrix protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,71745
ポリマ－195,91112
非ポリマー2,80633
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area41570 Å2
ΔGint-589 kcal/mol
Surface area62450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.322, 123.322, 113.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Matrix protein / 基質タンパク質 / gp18 / p16


分子量: 16325.882 Da / 分子数: 4 / 変異: H112W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borna disease virus (ボルナ病ウイルス)
遺伝子: M / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0C794
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 37880 / Num. obs: 37880 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5105 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F1J

3f1j


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / SU B: 4.966 / SU ML: 0.118 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ALL REFLECTIONS HAVE BEEN USED DURING LAST REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.1924 ---
all0.1958 37880 --
obs0.1958 37867 98.73 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.957 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20.85 Å20 Å2
2--1.7 Å20 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 47 136 4467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024448
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4571.9886043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.937488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.555519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95823.744203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.93915771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9971526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.271 2445

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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