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- PDB-4gon: Crystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gon
タイトルCrystal Structure of E. coli DNA Adenine Methyltransferase in Complex with Indole Aza-SAM
要素DNA adenine methylaseDamメチラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methylation (メチル化)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type DNA replication initiation / : / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / S-adenosyl-L-methionine binding / DNAミスマッチ修復 / response to UV / DNA-templated DNA replication / sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...Adenine-specific Methyltransferase; domain 2 / Adenine-specific Methyltransferase, Domain 2 / Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0Y1 / Damメチラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Harmer, J.E. / Roach, P.L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structural Basis of Selective N-6 adenine methyltransferase Inhibition by Transition State Mimic
著者: Harmer, J.E. / McKelvie, J.C. / Hobley, G. / Roach, P.L.
履歴
登録2012年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA adenine methylase
E: DNA adenine methylase
F: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9626
ポリマ－96,4313
非ポリマー1,5323
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6542
ポリマ－32,1441
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6542
ポリマ－32,1441
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
F: DNA adenine methylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6542
ポリマ－32,1441
非ポリマー5111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.315, 161.315, 95.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 DNA adenine methylase / Damメチラーゼ / DNA adenine methyltransferase / Deoxyadenosyl-methyltransferase / M.EcoDam


分子量: 32143.609 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b3387, dam, JW3350 / プラスミド: pET24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEE8, Damメチラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-0Y1 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl][2-(1H-indol-3-yl)ethyl]amino}-5'-deoxyadenosine


分子量: 510.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N8O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM MES, 1600 mM ammonium Sulfate, 14-18% glycerol, pH 7.0, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.712→35.897 Å / Num. all: 38865 / Num. obs: 38865 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.71-2.786.30.73310.733199.9
2.78-2.866.30.5591.40.559199.6
2.86-2.946.30.461.60.46199.9
2.94-3.036.30.3662.10.366199.3
3.03-3.136.30.2862.60.2861100
3.13-3.246.30.1953.90.195199.9
3.24-3.366.20.1395.40.139199.7
3.36-3.56.10.1096.90.109199.8
3.5-3.666.20.0819.30.081199.8
3.66-3.846.20.06210.20.062199.8
3.84-4.046.20.051140.051199.6
4.04-4.296.20.04416.40.044199.9
4.29-4.586.10.03420.90.034199.6
4.58-4.955.90.03122.50.031199.5
4.95-5.4260.0323.50.03199.9
5.42-6.066.20.03321.30.0331100
6.06-76.20.03122.80.0311100
7-8.586.10.022300.022199.8
8.58-12.135.90.01834.80.018199.9
12.13-35.89750.01930.60.019194.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.72→30.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.61 / SU ML: 0.203 / SU R Cruickshank DPI: 0.4239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25777 1934 5 %RANDOM
Rwork0.21011 ---
obs0.21249 36479 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6039 0 111 30 6180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0226340
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.9818600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4155722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21423.223332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.58151007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1721548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1831.53670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24325895
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83532670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7154.52705
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.721→2.792 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 159 -
Rwork0.268 2580 -
obs--96.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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