PDB-2zvl: Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zvl

タイトル

Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fragment

要素

DNA polymerase kappa
Proliferating cell nuclear antigen

キーワード

TRANSFERASE / DNA replication / PCNA / clamp / translesion synthesis / TLS / DNA polymerase / TLS polymerase / complex / PIP-box / DNA polymerase kappa

機能・相同性

機能・相同性情報

dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / MutLalpha complex binding / Removal of the Flap Intermediate ...dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / Polymerase switching / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / MutLalpha complex binding / Removal of the Flap Intermediate / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / replisome / mitotic DNA replication / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / response to L-glutamate / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / response to dexamethasone / histone acetyltransferase binding / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / G1/S-Specific Transcription / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / replication fork processing / DNA repair-dependent chromatin remodeling / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / response to cadmium ion / estrous cycle / mismatch repair / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / DNA polymerase binding / translesion synthesis / epithelial cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / liver regeneration / positive regulation of DNA replication / nuclear estrogen receptor binding / positive regulation of DNA repair / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / replication fork / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / receptor tyrosine kinase binding / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular response to hydrogen peroxide / Dual Incision in GG-NER / cellular response to UV / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / response to estradiol / heart development / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / chromatin organization / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / chromatin binding / centrosome / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Hishiki, A. / Hashimoto, H. / Hanafusa, T. / Kamei, K. / Ohashi, E. / Shimizu, T. / Ohmori, H. / Sato, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Novel Interactions between Human Translesion Synthesis Polymerases and Proliferating Cell Nuclear Antigen
著者: Hishiki, A. / Hashimoto, H. / Hanafusa, T. / Kamei, K. / Ohashi, E. / Shimizu, T. / Ohmori, H. / Sato, M.

履歴

登録	2008年11月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zvl.cif.gz	307.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zvl.ent.gz	248.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/2zvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/2zvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zvkC 2zvmC 1vymS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hvo-d 5iy4-d 1u7b-1 5mav-1 2zvm-d 6qcg-2 6qcg-1 1axc-d 5mav-2 2zvk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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サーチュイン (Sirtuins)
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シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Proliferating cell nuclear antigen

U: DNA polymerase kappa

B: Proliferating cell nuclear antigen

V: DNA polymerase kappa

C: Proliferating cell nuclear antigen

W: DNA polymerase kappa

D: Proliferating cell nuclear antigen

X: DNA polymerase kappa

E: Proliferating cell nuclear antigen

Y: DNA polymerase kappa

F: Proliferating cell nuclear antigen

Z: DNA polymerase kappa

ヘテロ分子

184 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Proliferating cell nuclear antigen

U: DNA polymerase kappa

B: Proliferating cell nuclear antigen

V: DNA polymerase kappa

C: Proliferating cell nuclear antigen

W: DNA polymerase kappa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91.9 kDa, 6 ポリマー
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2

D: Proliferating cell nuclear antigen

X: DNA polymerase kappa

E: Proliferating cell nuclear antigen

Y: DNA polymerase kappa

F: Proliferating cell nuclear antigen

Z: DNA polymerase kappa

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91.9 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.769, 74.707, 109.049
Angle α, β, γ (deg.)	87.25, 77.46, 80.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin 分子量: 28795.752 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12004
#2: タンパク質・ペプチド	DNA polymerase kappa 分子量: 1698.014 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized peptide / 参照: DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 5.2 詳細: pH5.2, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU MSC JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 71006 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 53 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VYM

1vym

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 21.09 / SU ML: 0.224 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28943	3575	5 %	RANDOM
R_work	0.22542	-	-	-
obs	0.22865	67254	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.04 Å²	-0.1 Å²	0.45 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0.19 Å²
3-	-	-	0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11928	0	26	120	12074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	11699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	10838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.872	1.981	15821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	3	25137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.9	5	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.488	25.175	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.307	15	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.537	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.317	1.5	7628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.349	1.5	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.305	2	12209
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.484	3	4071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.402	4.5	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	207	-
R_work	0.265	4332	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3801	0.894	-0.3373	1.4399	-0.2507	0.7516	-0.1566	0.1293	-0.033	-0.177	0.1026	0.0029	0.0504	0.0004	0.054	0.0809	-0.0037	0.1052	0.0168	0.022	0.1926	-12.513	-1.635	-44.312
2	0.8909	0.2277	0.4244	1.5419	0.6565	1.278	0.0526	-0.0139	-0.0347	0.0319	-0.0312	0.0131	0.0048	-0.0277	-0.0215	0.0502	0.0289	0.098	0.0201	0.0641	0.2144	-40.9	12.643	-14.493
3	1.4458	-0.3553	-0.5993	0.76	0.4685	1.0421	0.034	-0.1309	0.0518	0.0185	0.0105	-0.0463	-0.0234	0.0969	-0.0445	0.0352	0.013	0.0792	0.0277	0.0414	0.1957	-3.79	34.418	-21.728
4	1.6203	0.7181	-0.2359	1.0971	-0.3842	0.6053	0.0912	-0.1125	-0.0325	0.0903	-0.1179	-0.0454	-0.0196	0.0279	0.0267	0.0551	0.0074	0.083	0.0215	0.0391	0.1634	34.516	-25.097	43.984
5	1.5143	0.0183	0.7247	0.7203	0.2893	1.4682	-0.0182	0.0874	0.0456	0.0251	0.0206	-0.0108	-0.005	0.0586	-0.0025	0.0547	0.0258	0.1092	0.0185	0.0561	0.228	25.154	5.086	13.806
6	0.639	-0.4009	0.2611	1.5082	-0.5773	0.9307	0.0112	0.037	-0.0468	-0.0631	0.0517	0.056	0.0619	-0.0322	-0.0629	0.0489	0.0035	0.0926	0.0086	0.0163	0.2178	-2.521	-27.853	21.198
7	7.3217	1.5906	0.1981	0.3457	0.0435	0.007	-1.2329	2.5336	-0.0838	-0.3369	0.8873	-0.0151	-0.0294	0.0699	0.3455	0.5338	-0.5511	0.1294	0.8816	-0.0242	0.0826	-9.126	0.406	-62.63
8	2.6649	2.29	-0.2947	2.2065	-1.3994	6.742	-0.1006	-0.0011	-0.0866	-0.1091	0.028	0.0139	0.0424	0.0794	0.0725	0.0182	0.0017	0.0118	0.0253	0.0636	0.2552	-57.99	13.782	-21.664
9	8.0877	1.067	2.7483	5.3173	1.0231	4.6788	0.0606	-0.2341	0.3713	0.1693	-0.0004	0.0556	-0.3841	-0.4262	-0.0601	0.0716	0.0487	0.0836	0.0451	0.0383	0.2312	-8.506	52.349	-24.026
10	4.1646	1.2092	6.3133	6.4726	4.0283	10.3579	-0.0751	0.1203	0.0081	1.1636	0.1257	-0.1185	0.3387	0.2218	-0.0505	0.2281	0.0196	-0.0234	0.0055	-0.0019	0.0024	30.676	-28.191	62.11
11	2.7891	-0.1377	1.5508	0.5541	-1.3497	8.0513	-0.202	-0.0754	0.3218	-0.0306	0.1676	-0.3103	-0.1166	-0.2709	0.0345	0.061	0.0304	0.0686	0.0937	-0.0728	0.4244	26.351	22.467	20.751
12	6.8492	-1.3655	4.5692	0.2755	-0.8514	4.6414	0.1451	0.5269	-0.102	-0.0089	-0.0972	0.0414	0.3003	-0.0443	-0.048	0.0924	-0.0185	0.1541	0.1496	0.0576	0.4017	-19.618	-20.67	23.396

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 255
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 255
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 255
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 255
7	X-RAY DIFFRACTION	7	U	862 - 872
8	X-RAY DIFFRACTION	8	V	861 - 873
9	X-RAY DIFFRACTION	9	W	861 - 872
10	X-RAY DIFFRACTION	10	X	862 - 871
11	X-RAY DIFFRACTION	11	Y	861 - 873
12	X-RAY DIFFRACTION	12	Z	862 - 872

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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