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- PDB-4gj3: Tyk2 (JH1) in complex with 2,6-dichloro-4-cyano-N-[2-({[(1R,2R)-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gj3
タイトルTyk2 (JH1) in complex with 2,6-dichloro-4-cyano-N-[2-({[(1R,2R)-2-fluorocyclopropyl]carbonyl}amino)pyridin-4-yl]benzamide
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase (キナーゼ) / ATP Binding (アデノシン三リン酸) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling ...type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / growth hormone receptor binding / Other interleukin signaling / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of natural killer cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of T cell proliferation / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Potential therapeutics for SARS / 細胞分化 / 細胞骨格 / intracellular signal transduction / 免疫応答 / protein phosphorylation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular exosome / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0XP / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ultsch, M.H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Lead Optimization of a 4-Aminopyridine Benzamide Scaffold To Identify Potent, Selective, and Orally Bioavailable TYK2 Inhibitors.
著者: Liang, J. / van Abbema, A. / Balazs, M. / Barrett, K. / Berezhkovsky, L. / Blair, W. / Chang, C. / Delarosa, D. / Devoss, J. / Driscoll, J. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / ...著者: Liang, J. / van Abbema, A. / Balazs, M. / Barrett, K. / Berezhkovsky, L. / Blair, W. / Chang, C. / Delarosa, D. / Devoss, J. / Driscoll, J. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / Halladay, J. / Johnson, A. / Kohli, P.B. / Lai, Y. / Liu, Y. / Lyssikatos, J. / Mantik, P. / Menghrajani, K. / Murray, J. / Peng, I. / Sambrone, A. / Shia, S. / Shin, Y. / Smith, J. / Sohn, S. / Tsui, V. / Ultsch, M. / Wu, L.C. / Xiao, Y. / Yang, W. / Young, J. / Zhang, B. / Zhu, B.Y. / Magnuson, S.
履歴
登録2012年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1422
ポリマ－34,7491
非ポリマー3931
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.229, 74.203, 105.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 34748.734 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain, UNP residues 885-1176 / 変異: C936A,Q969A,E971A,K972A,D1023N,C1142A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Tyk2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0XP / 2,6-dichloro-4-cyano-N-[2-({[(1R,2R)-2-fluorocyclopropyl]carbonyl}amino)pyridin-4-yl]benzamide


分子量: 393.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11Cl2FN4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-25%(w/v) PEG3350 and 0.2M Mg sulfate, 0.1M MES pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月11日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35.3 Å / Num. obs: 9108 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 49.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.8 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1329 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NZ0

3nz0


解像度: 2.5→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9195 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8856 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2601 884 9.74 %RANDOM
Rwork0.2068 ---
all0.2117 ---
obs0.2117 9072 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5073 Å20 Å20 Å2
2--1.7426 Å20 Å2
3----3.2499 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.353 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2335 0 26 66 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0072427HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.953291HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d835SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2427HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.06
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2704SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.79 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 261 10.03 %
Rwork0.2271 2342 -
all0.2337 2603 -
obs--87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9769-1.42520.51071.452-0.54174.41570.0308-0.13450.01960.03250.008-0.0984-0.04060.0043-0.03880.04420.0672-0.034-0.07860.0001-0.1775-4.5949-16.3208-8.6848
21.2485-0.68720.43042.2167-0.63792.67250.0157-0.1586-0.01470.29680.05090.04070.1243-0.0106-0.0666-0.0714-0.0317-0.0018-0.1360.0246-0.0993-11.8874-7.1966-11.5528
31.5990.4336-0.34523.8119-0.20251.10860.0346-0.02770.1820.2252-0.03310.0897-0.04810.0192-0.0015-0.0710.0153-0.0033-0.07790.0412-0.055-10.59767.2835-11.8787
41.5951-0.00730.0071.5917-0.03560.3524-0.00650.17180.1899-0.0475-0.01470.0912-0.0418-0.05340.0212-0.0810.03020.0089-0.08960.0303-0.0285-12.987212.8374-24.7142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|890 - A|916 }A890 - 916
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|917 - A|1017 }A917 - 1017
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|1018 - A|1076 }A1018 - 1076
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1077 - A|1177 }A1077 - 1177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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