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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g3h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of helicobacter pylori arginase | ||||||
要素 | Arginase (RocF) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / arginase (アルギナーゼ) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / Hydrolytic enzyme (加水分解酵素) / manganous ion binding / Hydrolysis (加水分解) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arginine catabolic process to ornithine / アルギナーゼ / arginase activity / manganese ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Zhang, X. / Li, D. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure and function studies on Helicobacter pylori arginase 著者: Zhang, J. / Zhang, X. / Li, D. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g3h.cif.gz | 265.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g3h.ent.gz | 213.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g3h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/4g3h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38051.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_1399 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25949 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 1mM MnCl2, 15mM guanidine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→34.918 Å / Num. all: 73851 / Num. obs: 66320 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / % possible all: 89.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→34.9 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 74.8104 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 158.78 Å2 / Biso mean: 36.3794 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.9 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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