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- PDB-4g2e: Crystal structure of a dimeric PrxQ from Sulfolobus tokodaii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g2e
タイトルCrystal structure of a dimeric PrxQ from Sulfolobus tokodaii
要素Peroxiredoxinペルオキシレドキシン
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / redox protein (酸化還元反応) / structural genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / dimer / A-type / LU / locally unfolded / peroxiredoxin (ペルオキシレドキシン) / PrxQ / disulfide (ジスルフィド)
機能・相同性
機能・相同性情報


ペルオキシレドキシン / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ペルオキシレドキシン
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Perkins, A. / Gretes, M.C. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Mapping the Active Site Helix-to-Strand Conversion of CxxxxC Peroxiredoxin Q Enzymes.
著者: Perkins, A. / Gretes, M.C. / Nelson, K.J. / Poole, L.B. / Karplus, P.A.
履歴
登録2012年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 0 THIS ENTRY 4G2E REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2YWNSF) ... THIS ENTRY 4G2E REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R2YWNSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2YWN: A.EBIHARA, M.MANZOKU, Y.FUJIMOTO, S.YOKOYAMA, S.KURAMITSU, RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE (RSGI)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8171
ポリマ－17,8171
非ポリマー00
水5,495305
1
A: Peroxiredoxin

A: Peroxiredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1850 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.337, 78.653, 61.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1155-

HOH

21A-1207-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxiredoxin / ペルオキシレドキシン


分子量: 17816.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: bcp4, STK_17850 / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: F9VNL8, ペルオキシレドキシン
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2YWN.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YWN

2ywn


解像度: 1.4→26.615 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.9214 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 14.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1493 2792 4.96 %RANDOM
Rwork0.1198 ---
obs0.1213 29551 87.25 %-
all-29551 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.266 Å2 / ksol: 0.325 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 61.03 Å2 / Biso mean: 19.8788 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3541 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5164 Å2-0 Å2
3----1.8705 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 0 305 1516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1371738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071191
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008223
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.628483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4-1.42410.3384460.24271282132842
1.4241-1.450.216860.20231569165550
1.45-1.47790.1991740.17821741181557
1.4779-1.50810.2016820.17191981206364
1.5081-1.54090.19151160.15122136225270
1.5409-1.57670.19971270.13372391251879
1.5767-1.61610.19271310.11522663279487
1.6161-1.65980.15741510.11632988313997
1.6598-1.70870.15381830.110430553238100
1.7087-1.76380.15461620.099130813243100
1.7638-1.82680.1361540.100630183172100
1.8268-1.90.1391660.09330843250100
1.9-1.98640.14141740.10230453219100
1.9864-2.09110.16071550.103430693224100
2.0911-2.22210.14231700.097830493219100
2.2221-2.39350.13621470.102130843231100
2.3935-2.63420.13611610.109830733234100
2.6342-3.01490.14271410.120830723213100
3.0149-3.79670.13931840.122330273211100
3.7967-26.61950.14891820.14473037321999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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