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- PDB-4fz8: Crystal structure of C11 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fz8
タイトルCrystal structure of C11 Fab, an ADCC mediating anti-HIV-1 antibody.
要素
  • FAB heavy chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11
  • FAB light chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ADCC / ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11 / CD4I ANTIBODY / FAB / VIRAL GLYCOPROTEIN GP120 / HIV-1 ENV
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Wu, X. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Recognition Patterns of the C1/C2 Epitopes Involved in Fc-Mediated Response in HIV-1 Natural Infection and the RV114 Vaccine Trial.
著者: Tolbert, W.D. / Van, V. / Sherburn, R. / Tuyishime, M. / Yan, F. / Nguyen, D.N. / Stanfield-Oakley, S. / Easterhoff, D. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Moody, M.A. / Ray, K. / Ferrari, G. / ...著者: Tolbert, W.D. / Van, V. / Sherburn, R. / Tuyishime, M. / Yan, F. / Nguyen, D.N. / Stanfield-Oakley, S. / Easterhoff, D. / Bonsignori, M. / Haynes, B.F. / Moody, M.A. / Ray, K. / Ferrari, G. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.
履歴
登録2012年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年5月19日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB heavy chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11
L: FAB light chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4004
ポリマ－49,1142
非ポリマー2872
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.547, 56.011, 70.708
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 FAB heavy chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11


分子量: 25403.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 FAB light chain of human ANTI-HIV-1 ENV ANTIBODY C11


分子量: 23710.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.5
詳細: 0.14 M sodium citrate, 0.07 M HEPES sodium pH 7.5, 14% isopropanol, and 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.03317
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月7日 / 詳細: K-B FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 14023 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNN

3tnn


解像度: 2.66→34.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 53.222 / SU ML: 0.467 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3126 708 5.1 %RANDOM
Rwork0.2528 ---
obs0.2558 13286 95.54 %-
all-13304 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.27 Å2-0 Å2-3.01 Å2
2--21.4 Å2-0 Å2
3----8.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3323 0 15 10 3348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9641.9584651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0613.0027249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4225434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48724.161137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.41615538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.421515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0751.52172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.52923504
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.86831251
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3094.51153
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.88936562
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free53
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded36.20456491
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.732 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.568 43 -
Rwork0.475 697 -
obs--69.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9072-0.11990.41690.14340.61163.0989-0.07960.1980.1035-0.011-0.0101-0.0064-0.18990.02740.08960.8547-0.0671-0.07510.02530.03450.7658-13.5772-14.6561-11.6408
20.9827-0.3595-0.0120.42750.5691.2371-0.0934-0.5215-0.2812-0.1380.1793-0.037-0.0841-0.0766-0.08590.83010.0031-0.02470.30160.05240.8098-17.7301-25.49973.3106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 215
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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