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- PDB-4f6t: The crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6t
タイトルThe crystal structure of the molybdenum storage protein (MoSto) from Azotobacter vinelandii loaded with various polyoxometalates
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / molybdenum storage / ATP hydrolyzation / hexamer (オリゴマー) / polyoxometalate (ポリ酸) / POM / Rossmanfold like / ATP Hydrolysis / Molybdate (モリブデン酸塩)
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MO(6)-O(26) Cluster / Chem-8M0 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / MOLYBDENUM ATOM / リン酸塩 / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kowalewski, B. / Poppe, J. / Schneider, K. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Nature's Polyoxometalate Chemistry: X-ray Structure of the Mo Storage Protein Loaded with Discrete Polynuclear Mo-O Clusters.
著者: Kowalewski, B. / Poppe, J. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Dierks, T. / Ermler, U. / Schneider, K.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,78912
ポリマ－54,0012
非ポリマー4,78810
水9,440524
1
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,36636
ポリマ－162,0046
非ポリマー14,36330
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area25380 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area48720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.740, 115.740, 233.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-519-

HOH

21A-646-

HOH

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / Mo storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28176.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: ATCC 13705 / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 25824.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: ATCC 13705 / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 7種, 534分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-6M0 / MO(6)-O(26) Cluster


分子量: 1007.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H16Mo6O26
#8: 化合物 ChemComp-MO / MOLYBDENUM ATOM / モリブデン


分子量: 95.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細AUTHOR STATES THAT SINGLE MOLYBDENUM ATOMS FORM A MO3 CLUSTER WITH THE SYMMETRY RELATED SUBUNITS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.1870.59
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.6NH4H2PO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
2832蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.6NH4H2PO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA11.008
シンクロトロンESRF ID2921.71
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2009年3月3日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2010年6月28日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.711
反射解像度: 1.6→46 Å / Num. all: 121767 / Num. obs: 109553 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.705 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.45
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.70.5483.6147364118531,259.4
1.7-1.90.3636.05118419262981,292.5
1.9-2.20.17411.02114068247821,296.6
2.2-2.60.09616.2280798181151,298.2
2.6-3.10.06520.6950356115231,298.2
3.1-3.80.04924.873256176461,297.8
3.8-4.50.04128.051533236521,297.3
4.5-60.03929.311371232351,296.8
6-80.03431.88582414171,296.7
8-120.0333.4627767271,292.1
12-46.0580.03129.9610553051,278.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
EDNAデータ収集
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OGX

2ogx


解像度: 1.6→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.1714 / WRfactor Rwork: 0.1388 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.9154 / SU B: 2.201 / SU ML: 0.034 / SU R Cruickshank DPI: 0.0638 / SU Rfree: 0.0615 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1733 5467 5 %RANDOM
Rwork0.1394 ---
all0.1421 121767 --
obs0.1421 109551 89.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.52 Å2 / Biso mean: 22.3128 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 172 524 4496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0224168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg5.82.4475855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.96522.611157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89415659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.841538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3220.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6681.52603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.92724194
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.72731565
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.0054.51594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.04734168
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 243 -
Rwork0.21 4430 -
all-4673 -
obs--52.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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