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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f0x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Malonyl-CoA Decarboxylase (Peroxisomal Isoform) | ||||||
要素 | Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Enzyme (酵素) / Peroxisome (ペルオキシソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malonyl-CoA decarboxylase / malonyl-CoA decarboxylase activity / malonyl-CoA catabolic process / regulation of fatty acid beta-oxidation / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / acetyl-CoA biosynthetic process / Β酸化 / peroxisomal matrix ...malonyl-CoA decarboxylase / malonyl-CoA decarboxylase activity / malonyl-CoA catabolic process / regulation of fatty acid beta-oxidation / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / acetyl-CoA biosynthetic process / Β酸化 / peroxisomal matrix / regulation of glucose metabolic process / response to nutrient / response to ischemia / Peroxisomal protein import / ペルオキシソーム / fatty acid biosynthetic process / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.29 Å | ||||||
データ登録者 | Aparicio, D. / Perez, R. / Fita, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Structural Asymmetry and Disulfide Bridges among Subunits Modulate the Activity of Human Malonyl-CoA Decarboxylase. 著者: Aparicio, D. / Perez-Luque, R. / Carpena, X. / Diaz, M. / Ferrer, J.C. / Loewen, P.C. / Fita, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f0x.cif.gz | 660 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f0x.ent.gz | 546.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/4f0x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51281.684 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCYLM, MLYCD / プラスミド: pET-DEST-42-112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95822, malonyl-CoA decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-0OR / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 16% PEG 2000 MME 0.1M AcNa 10mM CitNa, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.29→66.82 Å / Num. all: 63973 / Num. obs: 63973 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 66.61 Å2 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 4.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.29→3.47 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.29→66.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8135 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7755 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.29→66.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
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