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Yorodumi- PDB-4x4t: Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4x4t | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix ending in CCACCA | ||||||
Components |
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Keywords | transferase/RNA / protein-RNA complex / tRNA / non-coding RNA / CCA-adding enzyme / nucleotidyltransferase / ncRNA / transferase-RNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationCCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Archaeoglobus fulgidus (archaea) Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kuhn, C.-D. / Joshua-Tor, L. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2015Title: On-Enzyme Refolding Permits Small RNA and tRNA Surveillance by the CCA-Adding Enzyme. Authors: Kuhn, C.D. / Wilusz, J.E. / Zheng, Y. / Beal, P.A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4x4t.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4x4t.ent.gz | 1008.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4x4t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4x4t_validation.pdf.gz | 532.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4x4t_full_validation.pdf.gz | 548.1 KB | Display | |
| Data in XML | 4x4t_validation.xml.gz | 75.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 4x4t_validation.cif.gz | 98.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x4t | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4x4nC ![]() 4x4oC ![]() 4x4pC ![]() 4x4qC ![]() 4x4rC ![]() 4x4sC ![]() 4x4uC ![]() 4x4vC ![]() 4x4wC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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| Details | biological units are chains A+B and C+D |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ACEF
| #1: Protein | Mass: 53672.484 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (archaea)Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: cca, AF_2156 / Plasmid: pET22 / Production host: ![]() References: UniProt: O28126, CCA tRNA nucleotidyltransferase |
|---|
-G70A tRNA minihelix ending in ... , 2 types, 3 molecules BDG
| #2: RNA chain | Mass: 11149.216 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human)#3: RNA chain | | Mass: 10193.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
|---|
-RNA chain , 2 types, 2 molecules HI
| #4: RNA chain | Mass: 605.430 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
|---|---|
| #5: RNA chain | Mass: 645.454 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 3 types, 361 molecules 




| #6: Chemical | | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.1 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG3350, 0.2M NaK tartrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 1.1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 12, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→40 Å / Num. obs: 87980 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 47.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / % possible all: 97.3 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→39.34 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.66 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 70.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→39.34 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Archaeoglobus fulgidus (archaea)
Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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