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- PDB-4x4o: Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x4o | ||||||
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Title | Crystal structure of the A.fulgidus CCA-adding enzyme in complex with a G70A arginyl-tRNA minihelix and CTP | ||||||
![]() |
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / protein-RNA complex / tRNA / non-coding RNA / CCA-adding enzyme / nucleotidyltransferase / ncRNA | ||||||
Function / homology | ![]() tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuhn, C.-D. / Joshua-Tor, L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: On-Enzyme Refolding Permits Small RNA and tRNA Surveillance by the CCA-Adding Enzyme. Authors: Kuhn, C.D. / Wilusz, J.E. / Zheng, Y. / Beal, P.A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 407.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 332.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4x4nC ![]() 4x4pC ![]() 4x4qC ![]() 4x4rC ![]() 4x4sC ![]() 4x4tC ![]() 4x4uC ![]() 4x4vC ![]() 4x4wC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 53672.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 Gene: cca, AF_2156 / Plasmid: pET22 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O28126, CCA tRNA nucleotidyltransferase #2: RNA chain | Mass: 10912.527 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 18.6% PEG 3,350, 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M Sodium Acetate pH 5.6 PH range: 5.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 3, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.201→29.791 Å / Num. obs: 23753 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 67.73 Å2 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.139 / Rsym value: 0.116 / Net I/av σ(I): 6.214 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 75872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 237.18 Å2 / Biso mean: 83.4007 Å2 / Biso min: 24.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.201→29.68 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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