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- PDB-4ev0: Crystal Structure of Thermus thermophilus Catabolite Activator Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ev0
タイトルCrystal Structure of Thermus thermophilus Catabolite Activator Protein
要素Transcription regulator, Crp familyTranscriptional regulation
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR (アクチベーター) / cAMP binding (CAMP) / winged helix-turn-helix motif / DNA binding (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Cyclic AMP receptor protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Hudson, B.P. / Turo, K. / Birktoft, J.J. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of T. thermophilius Catabolite Activator Protein
著者: Hudson, B.P. / Turo, K. / Birktoft, J.J. / Ebright, R.H. / Lawson, C.L.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulator, Crp family
D: Transcription regulator, Crp family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,86010
ポリマ－47,6972
非ポリマー1,1638
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.250, 94.842, 121.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13A
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resseq 5:55 or resseq 64:108) and (name...A5 - 55
121(chain 'A' and (resseq 5:55 or resseq 64:108) and (name...A64 - 108
211(chain 'D' and (resseq 5:55 or resseq 64:108) and (name...D5 - 55
221(chain 'D' and (resseq 5:55 or resseq 64:108) and (name...D64 - 108
112chain 'A' and (resseq 112:133) and (name n or name ca or name c or name o)A0
212chain 'D' and (resseq 112:133) and (name n or name ca or name c or name o)D0
113chain 'A' and (resseq 140:153 or resseq 160:216) and (name n or name ca or name c or name o)A140 - 153
123chain 'A' and (resseq 140:153 or resseq 160:216) and (name n or name ca or name c or name o)A160 - 216
213chain 'D' and (resseq 140:153 or resseq 160:216) and (name n or name ca or name c or name o)D140 - 153
223chain 'D' and (resseq 140:153 or resseq 160:216) and (name n or name ca or name c or name o)D160 - 216

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.571066, 0.627406, -0.529382), (0.625286, -0.08538, -0.775711), (-0.531884, -0.773998, -0.34355)54.893902, 73.396004, 132.065002
2given(-0.642087, 0.541131, -0.543048), (0.587761, -0.10731, -0.801886), (-0.4922, -0.834063, -0.249153)64.318802, 78.229103, 128.931
3given(-0.71789, 0.682395, -0.137735), (0.66787, 0.619282, -0.412844), (-0.196426, -0.388365, -0.900327)44.236698, 25.666, 154.419998

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要素

#1: タンパク質 Transcription regulator, Crp family / Transcriptional regulation


分子量: 23848.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RIKEN BIOResource Center, plasmid TTHA1437 of single clone (RDB 6078)
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: crp, TTHA1437 / プラスミド: pET-ttCRP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SID7
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP / 環状アデノシン一リン酸


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Screening for crystallization used the Gryphon liquid handling system (Art Robbins Instruments). Crystals were grown using sitting drops (200 nL protein + 200 nL crystallization reagent) with ...詳細: Screening for crystallization used the Gryphon liquid handling system (Art Robbins Instruments). Crystals were grown using sitting drops (200 nL protein + 200 nL crystallization reagent) with 60 UL reservoirs of crystallization reagent in a 96-well high-throughput screen. Plate-shaped crystals were obtained at 20 degree C using Hampton Research NATRIX HT #38: 0.2 M ammonium acetate, 0.15 M magnesium acetate tetrahydrate, 5% (w/v) polyethylene glycol 4000, and 0.05 M HEPES sodium, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月7日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator with vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 20242 / Num. obs: 20242 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.5 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.318 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.446.50.5655350.804150.6
2.44-2.496.60.4816240.831161.1
2.49-2.53120.3968480.966179
2.53-2.5915.30.3999370.955187.9
2.59-2.6416.90.36510280.962196.7
2.64-2.719.10.35410631.012199.6
2.7-2.7724.10.28910431.0661100
2.77-2.8528.80.26510591.0841100
2.85-2.9328.80.2310661.1741100
2.93-3.0229.10.18710591.2771100
3.02-3.13290.16110671.441100
3.13-3.2629.10.13510731.6691100
3.26-3.4128.90.10910732.0791100
3.41-3.5928.90.09710852.5171100
3.59-3.8128.80.08610803.0711100
3.81-4.128.60.07410733.5631100
4.1-4.5228.30.06710974.0971100
4.52-5.17280.06811074.2731100
5.17-6.5127.20.07211234.031100
6.51-10025.20.04512023.857199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Nterminal domain: composite model of pruned fragments from PDB entries 2pqq, 3d0s, 3h3u representing residues 21-102; C-terminal domain: pruned fragment from PDB entry 2zcw

2pqq

3d0s

3h3u

2zcw


解像度: 2.402→44.173 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7767 / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Disorder modelled using 6 TLS groups, 3 per subunit
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2555 1031 5.11 %5% randomly selected
Rwork0.2 ---
obs0.2028 20187 93.67 %-
all-20242 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.5 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 159.29 Å2 / Biso mean: 64.9012 Å2 / Biso min: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.9091 Å2-0 Å2-0 Å2
2---15.1925 Å20 Å2
3----13.7167 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→44.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3328 0 70 82 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083463
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1654700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0711292
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.297
12D384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.297
21A88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.318
22D88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.318
31A284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.346
32D284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.346
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4021-2.52870.39261050.26691756186162
2.5287-2.68720.34261480.25562664281293
2.6872-2.89460.28221650.240628883053100
2.8946-3.18580.28471430.219328853028100
3.1858-3.64660.25981470.213429373084100
3.6466-4.59360.20411440.17429593103100
4.5936-44.18010.24921790.186630673246100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24191.0836-0.79322.023-1.36865.0065-0.05280.2318-0.3095-0.24070.22570.0187-0.0363-0.3722-0.00010.2872-0.0139-0.01030.47580.03950.500237.359443.870540.4098
20.32890.0166-0.05460.5509-0.61851.1978-0.01130.3563-0.01110.20270.17-0.2505-0.3054-0.77260.00010.866-0.07440.02910.4676-0.02070.513535.865454.45450.3507
33.12151.0659-0.53723.7313-0.58672.2406-0.05930.01680.10820.15230.04590.0702-0.1081-0.31290.00010.30620.05130.01550.5114-0.01710.443719.682832.056378.0315
41.93510.8221-0.33441.43020.38491.857-0.0291-0.13520.1134-0.13370.0566-0.0048-0.4134-0.06880.00010.8713-0.00880.00910.3669-0.00340.460240.367362.455163.7744
52.07390.4042-1.14611.2308-0.86580.9933-0.2041-0.0722-0.68990.0324-0.3664-0.316-0.3025-0.0623-0.05150.934-0.1632-0.02570.4456-0.00280.488442.907352.01654.438
62.029-0.408-0.72071.13561.4152.302-0.2287-0.11650.21210.31930.3124-0.36090.57080.31690.02470.33230.06620.09770.477-0.00590.506836.770116.900569.3375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:109 OR RESID 301:301 ) )A4 - 109
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 4:109 OR RESID 301:301 ) )A301
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 110:135 )A110 - 135
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 136:216 )A136 - 216
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 3:109 OR RESID 301:301 ) )D3 - 109
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND ( RESID 3:109 OR RESID 301:301 ) )D301
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND RESID 110:135 )D110 - 135
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 136:216 )D136 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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