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- PDB-4em9: Human PPAR gamma in complex with nonanoic acids -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4em9
タイトルHuman PPAR gamma in complex with nonanoic acids
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gammaPPARγ
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nuclear receptor (核内受容体) / Retinoic acid receptor (レチノイン酸受容体) / Nucleus (Nucleus)
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / macrophage derived foam cell differentiation / DNA binding domain binding / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / long-chain fatty acid transport / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / 細胞分化 / BMP signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / positive regulation of adipose tissue development / epithelial cell differentiation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / negative regulation of miRNA transcription / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / transcription coregulator binding / peptide binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / lipid metabolic process / regulation of circadian rhythm / PPARA activates gene expression / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / 血圧 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / nuclear receptor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / 細胞分化 / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ペラルゴン酸 / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / PPARγ
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Nascimento, A.S. / Polikarpov, I.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Medium chain fatty acids are selective peroxisome proliferator activated receptor (PPAR) Gamma activators and pan-PPAR partial agonists
著者: Liberato, M.V. / Nascimento, A.S. / Ayers, S.D. / Lin, J.Z. / Cvoro, A. / Silveira, R.L. / Martinez, L. / Souza, P.C. / Saidemberg, D. / Deng, T. / Amato, A.A. / Togashi, M. / Hsueh, W.A. / ...著者: Liberato, M.V. / Nascimento, A.S. / Ayers, S.D. / Lin, J.Z. / Cvoro, A. / Silveira, R.L. / Martinez, L. / Souza, P.C. / Saidemberg, D. / Deng, T. / Amato, A.A. / Togashi, M. / Hsueh, W.A. / Phillips, K. / Palma, M.S. / Neves, F.A. / Skaf, M.S. / Webb, P. / Polikarpov, I.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,98010
ポリマ－62,8212
非ポリマー1,1598
水5,603311
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9775
ポリマ－31,4101
非ポリマー5674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0035
ポリマ－31,4101
非ポリマー5934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,96120
ポリマ－125,6424
非ポリマー2,31916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area7580 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area44590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.731, 62.255, 118.649
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPARγ / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31410.488 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 235-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物
ChemComp-KNA / nonanoic acid / ノナン酸 / ペラルゴン酸


分子量: 158.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン / TCEP


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M tris-HCl, 0.9M sodium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→32.8 Å / Num. all: 36878 / Num. obs: 36859 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.155 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZEO

1zeo


解像度: 2.1→32.8 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 1860 5.05 %RANDOM
Rwork0.2049 ---
obs0.2065 36859 94.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.816 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3583 Å20 Å21.4107 Å2
2--2.2294 Å20 Å2
3----1.8711 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 78 311 4352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7645569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1991555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15550.3522940.29941732X-RAY DIFFRACTION61
2.1555-2.21890.31141180.26492529X-RAY DIFFRACTION89
2.2189-2.29050.29911570.23852662X-RAY DIFFRACTION96
2.2905-2.37240.26241300.23222761X-RAY DIFFRACTION97
2.3724-2.46730.2721270.21242779X-RAY DIFFRACTION97
2.4673-2.57960.2821560.21122784X-RAY DIFFRACTION98
2.5796-2.71550.23931370.20972784X-RAY DIFFRACTION99
2.7155-2.88550.2771560.21462796X-RAY DIFFRACTION99
2.8855-3.10820.22651550.21682872X-RAY DIFFRACTION100
3.1082-3.42070.221390.20062824X-RAY DIFFRACTION100
3.4207-3.91490.18771540.17442850X-RAY DIFFRACTION100
3.9149-4.92970.18541730.16782818X-RAY DIFFRACTION99
4.9297-32.80.24641640.2082808X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.90490.4198-0.23321.6142-0.00792.162-0.1813-0.1631-0.0690.08150.2108-0.173-0.1340.2534-0.03680.27390.1475-0.02110.31070.01540.210813.3685-0.531116.9623
22.39210.2-0.35451.0948-0.03192.6420.0281-0.196-0.00850.12310.01710.0823-0.11720.17-0.05050.32020.11270.02690.23970.02470.257730.0097-23.497933.7397
30.3292-0.21890.4390.3516-0.30630.7289-0.05250.0012-0.00240.00280.03010.0254-0.0480.01850.00860.31160.04580.02060.304-0.00390.293919.2558-12.748523.1014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 207:477 OR RESID 501:503 ) )A207 - 477
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 207:477 OR RESID 501:503 ) )A501 - 503
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 207:474 OR RESID 501:502 ) )B207 - 474
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 207:474 OR RESID 501:502 ) )B501 - 502
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 601:771 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:740 )A601 - 771
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 601:771 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:740 )B601 - 740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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