ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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MOSFLM | | データ削減 | | SCALA | 3.3.16データスケーリング | | MOLREP | | 位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.1 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→53.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.1959 / WRfactor Rwork: 0.1744 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8738 / SU B: 2.825 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1405 / SU Rfree: 0.1253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1985 | 948 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1736 | - | - | - |
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obs | 0.1749 | 18544 | 99.77 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 58.13 Å2 / Biso mean: 12.568 Å2 / Biso min: 2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.26 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.26 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.52 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→53.99 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1552 | 0 | 0 | 171 | 1723 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.025 | 0.022 | 1596 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.928 | 1.953 | 2168 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.683 | 5 | 206 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.149 | 22.923 | 65 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg14.059 | 15 | 244 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.412 | 15 | 12 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.157 | 0.2 | 230 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.021 | 1231 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.212 | 1.5 | 1023 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it2.061 | 2 | 1641 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it3.427 | 3 | 573 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it5.491 | 4.5 | 527 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.226 | 61 | - |
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Rwork | 0.162 | 1272 | - |
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all | - | 1333 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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