[日本語] English
万見
- PDB-4zxr: Structure of Thaumatin wrapped in graphene within vacuum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zxr
タイトルStructure of Thaumatin wrapped in graphene within vacuum
要素Thaumatin-1
キーワードPLANT PROTEIN / Thaumatin / vacuum / graphene / graphene-wrapped protein crystals
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Aller, P. / Warren, A.J. / Trincao, J. / Evans, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: In vacuo X-ray data collection from graphene-wrapped protein crystals.
著者: Warren, A.J. / Crawshaw, A.D. / Trincao, J. / Aller, P. / Alcock, S. / Nistea, I. / Salgado, P.S. / Evans, G.
履歴
登録2015年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thaumatin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5614
ポリマ－22,2271
非ポリマー3343
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.079, 59.079, 151.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Thaumatin-1 / Thaumatin I


分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Commercial thaumatin from Thaumatococcus danielli (Sigma-Aldrich) was resuspended in Milli-Q water to a concentration of 40 mg/mL. Sitting drops were made by mixing 4 uL of protein solution ...詳細: Commercial thaumatin from Thaumatococcus danielli (Sigma-Aldrich) was resuspended in Milli-Q water to a concentration of 40 mg/mL. Sitting drops were made by mixing 4 uL of protein solution and 2 uL of reservoir solution [50 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid(ADA) pH 6.8, 600 mM potassium sodium tartrate and 20 % (v/v) Glycerol] and equilibrated against 500 uL of reservoir solution at 293K.

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
Ambient temp details: sample wrapped in graphene whithin low vacuum in vacuum chamber
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月27日
放射モノクロメーター: double crystals Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→41.78 Å / Num. obs: 20125 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 73107 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.92-1.973.60.582498613900.7450.34198.8
9.01-41.783.40.0329.67122080.9990.01883.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KWN

1kwn
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.92→41.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1713 / WRfactor Rwork: 0.145 / FOM work R set: 0.8698 / SU B: 5.934 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1048 / SU Rfree: 0.1017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1748 982 4.9 %RANDOM
Rwork0.1462 ---
obs0.1476 19143 94.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.69 Å2 / Biso mean: 37.326 Å2 / Biso min: 21.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 22 87 1621
Biso mean--46.79 49.32 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.021593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1821.9532178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15533186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9965211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.53523.43864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.31915216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.371510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3990.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0532.606833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0492.601832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0893.8951041
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 57 -
Rwork0.25 1468 -
all-1525 -
obs--98.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.2885 Å / Origin y: 24.8265 Å / Origin z: 32.6369 Å
111213212223313233
T0.0345 Å20.0055 Å2-0.0186 Å2-0.0077 Å2-0.0006 Å2--0.0452 Å2
L0.8769 °20.1027 °2-0.0784 °2-1.5799 °21.3525 °2--3.5922 °2
S0.0554 Å °-0.0182 Å °-0.1205 Å °0.0958 Å °-0.0395 Å °-0.0282 Å °0.3068 Å °0.0373 Å °-0.0159 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る