PDB-4dgq: Crystal structure of Non-heme chloroperoxidase from Burkholderia ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dgq

タイトル

Crystal structure of Non-heme chloroperoxidase from Burkholderia cenocepacia

要素

Non-heme chloroperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

クロライドペルオキシダーゼ /

chloride peroxidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.A. / Staker, B. / Stewart, L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Non-heme chloroperoxidase from Burkholderia cenocepacia
著者: Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.A. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dgq.cif.gz	332.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dgq.ent.gz	270.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/4dgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zoiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zoi-d 1a88-d 3hea-1 6tj2-d 3hi4-1 3t52-2 3t52-1 6x3j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.00095.h

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Non-heme chloroperoxidase

B: Non-heme chloroperoxidase

C: Non-heme chloroperoxidase

ヘテロ分子

91.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.770, 111.850, 80.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Non-heme chloroperoxidase 分子量: 30580.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / LMG 16656 / 遺伝子: cpo, BceJ2315_07640, BCAL0771 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B4EA96, クロライドペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Internal tracking number 228044H10. Wizard III/IV screen condition H10: 30% 2-propanol, 30% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5. BuceA00095hA1 PS01264 at 21.88mg/ml in a stabilizing buffer of 25 mM ...詳細: Internal tracking number 228044H10. Wizard III/IV screen condition H10: 30% 2-propanol, 30% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5. BuceA00095hA1 PS01264 at 21.88mg/ml in a stabilizing buffer of 25 mM HEPES, pH 7.0, 500 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.025% sodium azide, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

結晶

マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.46 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Internal tracking number 228044H10. Wizard III/IV screen condition H10: 30% 2-propanol, 30% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5. BuceA00095hA1 PS01264 at 21.88mg/ml in a stabilizing buffer of 25 mM ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 84726 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.591 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 20.77

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.85-1.9	3.2	0.504	2.7	20063	6186	98.1
1.9-1.95		0.427	3.9	27104	6041	99.6
1.95-2.01		0.362	5.7	38112	5935	99.9
2.01-2.07		0.305	7.2	42445	5758	99.9
2.07-2.14		0.246	9.5	47591	5560	99.9
2.14-2.21		0.211	12.4	54955	5394	99.9
2.21-2.29		0.187	14.9	58551	5261	99.8
2.29-2.39		0.161	17.3	60945	5014	99.9
2.39-2.49		0.157	19	67186	4827	99.8
2.49-2.62		0.145	20.7	68652	4599	99.9
2.62-2.76		0.125	22.8	66392	4418	99.8
2.76-2.93		0.109	25.6	61906	4108	99.9
2.93-3.13		0.093	29.3	59359	3913	99.9
3.13-3.38		0.078	35.4	55656	3659	99.7
3.38-3.7		0.064	46.2	50250	3320	100
3.7-4.14		0.056	53.5	45808	3025	99.5
4.14-4.78		0.051	57.1	40374	2685	99.7
4.78-5.85		0.054	48.6	34631	2268	99.9
5.85-8.27		0.058	42.4	26867	1762	99.7
8.27-50		0.034	68.8	14205	993	98

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1zoi

1zoi

解像度: 1.85→39.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.61 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.163	4223	5 %	RANDOM
R_work	0.135	-	-	-
obs	0.136	84695	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.905 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6394	0	12	858	7264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	6639
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.595	1.919	9044
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	10566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.571	5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.278	23.742	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.404	15	974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.121	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1427

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	276	-
R_work	0.214	5786	-
all	-	6062	-
obs	-	-	98.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1876	-0.3997	-1.4292	0.9968	0.8199	2.6505	0.0494	0.1399	0.1418	-0.1889	0.0388	0.157	-0.0904	-0.113	-0.0882	0.0435	0.005	-0.0355	0.0696	0.0355	0.0656	-22.537	1.528	-26.299
2	0.3226	0.1038	0.0419	0.354	0.0965	0.3832	0.033	0.0429	-0.016	-0.0251	-0.0313	0.074	0.0334	-0.0563	-0.0017	0.0203	-0.0029	-0.0221	0.0322	-0.009	0.0365	-22.918	-10.859	-18.465
3	0.5113	0.1062	0.0307	0.4585	-0.0363	0.3387	0.013	0.0183	-0.0501	-0.0076	-0.0075	0.0129	0.0798	-0.0001	-0.0055	0.026	-0.0039	-0.0118	0.0092	-0.0029	0.0263	-15.136	-17.498	-16.31
4	2.1737	1.2616	-0.6289	2.2385	-1.3087	1.2311	-0.0371	0.1264	0.0989	-0.0259	0.0412	0.1591	-0.055	-0.1995	-0.0041	0.0261	0.0177	-0.0125	0.0883	-0.0207	0.0738	-24.323	11.647	-4.11
5	0.3754	0.2451	-0.0585	0.3331	0.1037	0.2991	0.0251	-0.019	0.0469	0.0206	-0.0142	0.0336	-0.0427	-0.0259	-0.0109	0.0246	0.0009	0.0098	0.013	-0.0071	0.0369	-13.551	15.823	4.974
6	0.5888	0.0079	-0.1735	0.5008	0.1912	0.5645	0.012	-0.0787	0.0184	0.0568	0.008	-0.0232	0.0073	0.0822	-0.0199	0.0125	-0.0029	-0.0035	0.0189	-0.006	0.0088	-6.156	9.35	9.318
7	2.1411	1.3535	1.0233	2.4507	1.1918	1.4989	0.0717	0.0658	0.1714	-0.0358	-0.0302	0.1813	-0.1903	-0.0981	-0.0415	0.0933	0.0348	0.026	0.0353	0.0324	0.0833	-9.178	21.881	-20.881
8	0.2671	0.0644	-0.2904	0.229	0.0145	0.5125	0.0251	0.0601	0.0693	-0.04	0.009	0.0192	-0.0718	0.012	-0.0341	0.0413	-0.0068	0.0042	0.0523	0.035	0.0289	1.159	14.908	-28.844
9	0.3866	0.0534	-0.1826	0.3472	-0.1488	0.6584	0.0177	0.0435	-0.0022	-0.0475	-0.0038	-0.0597	-0.0344	0.1004	-0.014	0.0143	-0.0104	0.0098	0.0535	0.0079	0.0229	9.758	10.214	-25.164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	150 - 276
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 23
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	24 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	150 - 276
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	24 - 149
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	150 - 276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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