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- PDB-4d6n: THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d6n
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MG (STATE 7)
要素
  • 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
  • 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
  • 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
  • HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / CATALYSIS / PROTEIN-DNA INTERACTION (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


intron homing / intein-mediated protein splicing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG-like domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Homing endonuclease I-DmoI
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Molina, R. / Stella, S. / Redondo, P. / Gomez, H. / Marcaida, M.J. / Orozco, M. / Prieto, J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Visualizing Phosphodiester-Bond Hydrolysis by an Endonuclease.
著者: Molina, R. / Stella, S. / Redondo, P. / Gomez, H. / Marcaida, M.J. / Orozco, M. / Prieto, J. / Montoya, G.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
B: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
C: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
E: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
F: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
G: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
H: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
I: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
J: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
K: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
L: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
M: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
N: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
O: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,93724
ポリマ－115,61415
非ポリマー3239
水3,009167
1
K: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
L: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
M: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
N: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
O: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5877
ポリマ－38,5385
非ポリマー492
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-59.5 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
2
F: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
G: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
H: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
I: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
J: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6468
ポリマ－38,5385
非ポリマー1083
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8520 Å2
ΔGint-62.5 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
3
A: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
B: 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3'
C: 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3'
D: 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3'
E: 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7059
ポリマ－38,5385
非ポリマー1674
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.311, 70.269, 107.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AFK

#1: タンパク質 HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI / I-DMOI


分子量: 23265.057 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: P21505, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 4種, 12分子 BGLCHMDINEJO

#2: DNA鎖 5'-D(*DGP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*AP*DAP)-3' / 14MER


分子量: 4296.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*DGP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*GP)-3' / 11MER


分子量: 3366.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*DCP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*TP*DAP*C)-3' / 15MER


分子量: 4554.962 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: DNA鎖 5'-D(*DCP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*CP)-3' / 10MER


分子量: 3055.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 176分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.6 Å / Num. obs: 56760 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VS8

2vs8


解像度: 2.35→46.598 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 3928 3.5 %
Rwork0.1824 --
obs0.1836 56723 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.598 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4534 3063 18 167 7782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22811570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.3313245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061302
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007934
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.37870.34421340.28393803X-RAY DIFFRACTION98
2.3787-2.40880.33791440.27533842X-RAY DIFFRACTION99
2.4088-2.44050.35091350.27333800X-RAY DIFFRACTION98
2.4405-2.47390.29211370.26383795X-RAY DIFFRACTION99
2.4739-2.50920.29811280.25063892X-RAY DIFFRACTION99
2.5092-2.54670.3151380.23883795X-RAY DIFFRACTION99
2.5467-2.58650.2931500.22733790X-RAY DIFFRACTION99
2.5865-2.62890.25921420.23073851X-RAY DIFFRACTION99
2.6289-2.67420.27111500.233807X-RAY DIFFRACTION99
2.6742-2.72280.2511260.22753892X-RAY DIFFRACTION99
2.7228-2.77520.33891400.2393702X-RAY DIFFRACTION99
2.7752-2.83180.28661450.24053783X-RAY DIFFRACTION96
2.8318-2.89340.30311270.22963855X-RAY DIFFRACTION99
2.8934-2.96070.2811540.22393796X-RAY DIFFRACTION99
2.9607-3.03470.26571500.21593885X-RAY DIFFRACTION99
3.0347-3.11670.22661310.20543793X-RAY DIFFRACTION99
3.1167-3.20840.21421440.20533841X-RAY DIFFRACTION99
3.2084-3.3120.22141460.18463803X-RAY DIFFRACTION99
3.312-3.43030.22431420.19113846X-RAY DIFFRACTION99
3.4303-3.56760.1951420.17673839X-RAY DIFFRACTION99
3.5676-3.72990.20731300.1953736X-RAY DIFFRACTION97
3.7299-3.92650.16931380.17743902X-RAY DIFFRACTION100
3.9265-4.17230.20421350.16323840X-RAY DIFFRACTION100
4.1723-4.49420.18751400.14913841X-RAY DIFFRACTION100
4.4942-4.94610.18621540.15473887X-RAY DIFFRACTION100
4.9461-5.66070.2021410.15983745X-RAY DIFFRACTION97
5.6607-7.12780.19081500.15213874X-RAY DIFFRACTION100
7.1278-46.60710.15861350.12953800X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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