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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d0l | ||||||
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タイトル | Phosphatidylinositol 4-kinase III beta-PIK93 in a complex with Rab11a- GTP gammaS | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/HYDROLASE / TRANSFERASE-HYDROLASE COMPLEX / TRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHATIDYLINOSITOL 4-KINASE / PI4K / NUCLEOTIDE (ヌクレオチド) / GTP / RAB11 / PIK93 / SIGNALING / GTPASE (GTPアーゼ) / SIGNAL TRANSDUCTION (シグナル伝達) / GOLGI / RECYCLING ENDOSOME / PI4P / PHOSPHOINOSITIDE (ホスファチジルイノシトール) / PTDINS4P / PI4KB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization ...regulation of early endosome to recycling endosome transport / regulation of protein localization to centrosome / regulation of multivesicular body size / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / regulation of endocytic recycling / postsynaptic recycling endosome / establishment of protein localization to organelle / plasma membrane to endosome transport / establishment of vesicle localization / regulation of cilium assembly / exosomal secretion / amyloid-beta clearance by transcytosis / rough endoplasmic reticulum membrane / melanosome transport / astral microtubule organization / VxPx cargo-targeting to cilium / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / regulation of vesicle-mediated transport / RAB geranylgeranylation / myosin V binding / protein localization to cilium / multivesicular body assembly / phosphatidylinositol biosynthetic process / dynein light intermediate chain binding / phosphatidylinositol-mediated signaling / establishment of protein localization to membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / syntaxin binding / mitotic metaphase chromosome alignment / lysosome organization / positive regulation of epithelial cell migration / エキソサイトーシス / inner ear development / 分裂溝 / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / phagocytic vesicle / 小胞 / vesicle-mediated transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / receptor-mediated endocytosis / 中心小体 / エンドソーム / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / 14-3-3 protein binding / trans-Golgi network membrane / regulation of cytokinesis / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / protein localization to plasma membrane / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle membrane / recycling endosome / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / 紡錘体 / recycling endosome membrane / neuron projection development / endocytic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / vesicle / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / リン酸化 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / 中心体 / glutamatergic synapse / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / McLaughin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Structures of Pi4Kiiibeta Complexes Show Simultaneous Recruitment of Rab11 and its Effectors. 著者: Burke, J.E. / Inglis, A.J. / Perisic, O. / Masson, G.R. / Mclaughlin, S.H. / Rutaganira, F. / Shokat, K.M. / Williams, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4d0l.cif.gz | 409.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4d0l.ent.gz | 328.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4d0l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d0l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 64593.141 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 121-407,508-784 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HDX-OPTIMISED DELETION VARIANT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PACEBAC1-HSPI4KIIIBETA / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UBF8, 1-phosphatidylinositol 4-kinase #2: タンパク質 | 分子量: 24691.818 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PJB88 HSRAB11A-Q70L IN POPTG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62491, 低分子量GTPアーゼ |
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-非ポリマー , 4種, 27分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THREE HDX-OPTIMIZED DELETIONS AND S294A MUTATION. ISOFORM 2 OF UNIPROT Q9UBF8 (CHAINS ACE) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 15% (W/V) PEG 4000, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, AND 0.2 M AMMONIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月18日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.51 Å / Num. obs: 70875 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 3IHY AND 1OIW 解像度: 2.94→115.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 22.398 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.221 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→115.84 Å
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拘束条件 |
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