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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cev | ||||||
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タイトル | ARGINASE FROM BACILLUS CALDEVELOX, L-ORNITHINE COMPLEX | ||||||
要素 | PROTEIN (ARGINASE) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ENZYME (酵素) / ARGININE HYDROLYSIS / NITROGEN METABOLISM (窒素循環) / MANGANESE METALLOENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus caldovelox (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of Bacillus caldovelox arginase in complex with substrate and inhibitors reveal new insights into activation, inhibition and catalysis in the arginase superfamily. 著者: Bewley, M.C. / Jeffrey, P.D. / Patchett, M.L. / Kanyo, Z.F. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cev.cif.gz | 343.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cev.ent.gz | 281.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cev.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4cev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4cev | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32476.248 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus caldovelox (バクテリア) 株: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 解説: BACILLUS SPECIES DSM 411 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53608, アルギナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-ORN / #4: 化合物 | ChemComp-GAI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | EACH MOLECULE HAS AN L-ORNITHINE MOLECULE BOUND IN ITS ACTIVE SITE (THESE ARE LABELLED R 401 - R ...EACH MOLECULE HAS AN L-ORNITHINE MOLECULE BOUND IN ITS ACTIVE SITE (THESE ARE LABELLED R 401 - R 406) AND A GUANIDINE ION AT AN EXTERNAL, INTER-SUBUNIT SITE (LABELLED R 407 - R 412) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: RESERVOIR SOLUTION 28% MONOMETHYLPEG 2000, 5 MM MNCL2, 10 MM GUANIDINE HYDROCHLORIDE, 10 MM D/L-ORNITHINE,IN 0.05 M BISTRISPROPANE/HCL,PH 8.5 27 MG/ML PROTEIN, 10 MM MOPSm, PH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 53853 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 161259 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: REFINED MODEL FOR THE PH 8.5 NATIVE STRUCTURE: 2CEV 解像度: 2.7→8 Å / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |