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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cel | |||||||||
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タイトル | ACTIVE-SITE MUTANT D214N DETERMINED AT PH 6.0 WITH NO LIGAND BOUND IN THE ACTIVE SITE | |||||||||
要素 | 1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE ICellulose 1,4-beta-cellobiosidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hypocrea jecorina (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Divne, C. / Stahlberg, J. / Jones, T.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 タイトル: Activity studies and crystal structures of catalytically deficient mutants of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei. 著者: Stahlberg, J. / Divne, C. / Koivula, A. / Piens, K. / Claeyssens, M. / Teeri, T.T. / Jones, T.A. #1: ジャーナル: Science / 年: 1994 タイトル: The Three-Dimensional Crystal Structure of the Catalytic Core of Cellobiohydrolase I from Trichoderma Reesei 著者: Divne, C. / Stahlberg, J. / Reinikainen, T. / Ruohonen, L. / Pettersson, G. / Knowles, J.K. / Teeri, T.T. / Jones, T.A. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on the Core Proteins of Cellobiohydrolase I and Endoglucanase I from Trichoderma Reesei 著者: Divne, C. / Sinning, I. / Stahlberg, J. / Pettersson, G. / Bailey, M. / Siika-Aho, M. / Margolles-Clark, E. / Teeri, T. / Jones, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cel.cif.gz | 164.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cel.ent.gz | 136.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cel.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4cel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/4cel | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999941, -0.010745, 0.001368), ベクター: 詳細 | THERE ARE TWO COPIES OF THE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. NON-CRYSTALLOGRAPHIC CONSTRAINTS HAVE BEEN APPLIED DURING REFINEMENT. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46067.750 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434 / 変異: D214N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類) / 株: QM 9414 / 遺伝子: CBH1 / Variant: VTT-D-93201 / プラスミド: PEM-F5 / 遺伝子 (発現宿主): CBH1 / 発現宿主: Hypocrea jecorina (菌類) 参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THERE IS A CALCIUM (+II) COUNTER ION COORDINATED BY GLU 295 AND GLU 325 FROM ONE MOLECULE, TOGETHER ...THERE IS A CALCIUM (+II) COUNTER ION COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 4.5 MM MES PH 6.0, 9% PEG 6000, 4.5 MM CACL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年9月15日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.6 Å / Num. obs: 41627 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 143220 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→7.5 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→7.5 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: STRICT NCS CONSTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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