PDB-4bxv: Three-dimensional structure of the mutant K109A of Paracoccus pan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bxv

タイトル

Three-dimensional structure of the mutant K109A of Paracoccus pantotrophus pseudoazurin at pH 7.0

要素

PSEUDOAZURIN

キーワード

ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity /

ペリプラズム / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Freire, F. / Mestre, A. / Pinho, J. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Pauleta, S.R. / Romao, M.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Exploring the Surface Determinants of Paracoccus Pantotrophus Pseudoazurin
著者: Freire, F. / Mestre, A. / Pinho, J. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Pauleta, S.R. / Romao, M.J.

履歴

登録	2013年7月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bxv.cif.gz	112.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bxv.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bwtC 4bwuC 3erxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lba-d 4q26-3 5jp5-1 4bwu-2 5jp5-2 2d02-d 1buz-d 3ef4-1 2myt-d 1ux8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PSEUDOAZURIN

B: PSEUDOAZURIN

ヘテロ分子

27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PSEUDOAZURIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PSEUDOAZURIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.310, 71.720, 91.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PSEUDOAZURIN 分子量: 13300.129 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80401
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 76 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 3.0-3.2 M AMMONIUM SULFATE, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.47
反射	解像度: 1.76→28.25 Å / Num. obs: 52635 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 13.2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 3.6
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ERX

3erx

解像度: 1.76→28.247 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.38 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3169	2710	5.2 %
R_work	0.2749	-	-
obs	0.2782	52612	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→28.247 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1860	0	22	351	2233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1933
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.218	2623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.343	725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7601-1.7921	0.4489	139	0.3889	2587	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7921-1.8266	0.3293	132	0.359	2536	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8266-1.8638	0.3936	130	0.3655	2593	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8638-1.9043	0.372	138	0.3385	2607	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9043-1.9486	0.3954	142	0.3377	2600	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9486-1.9973	0.3553	146	0.3203	2608	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9973-2.0513	0.3368	154	0.2997	2606	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0513-2.1116	0.3618	146	0.3018	2609	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1116-2.1797	0.2995	126	0.2984	2666	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1797-2.2576	0.3534	128	0.2839	2600	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2576-2.3479	0.3447	142	0.2861	2617	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3479-2.4546	0.329	146	0.2741	2655	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4546-2.5839	0.2651	134	0.2672	2677	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5839-2.7455	0.3145	137	0.2663	2640	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7455-2.9571	0.2783	145	0.2489	2653	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9571-3.254	0.2967	140	0.2462	2630	X-RAY DIFFRACTION	95
3.254-3.7232	0.2804	146	0.225	2665	X-RAY DIFFRACTION	95
3.7232-4.6845	0.2723	159	0.2095	2638	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6845-23.2645	0.3075	149	0.2765	2726	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.014	0.025	0.0194	0.0517	0.0308	0.0291	0.0028	-0.0088	-0.0016	0.0086	-0.0176	-0.0082	0.0057	0.0072	-0.0697	0.0126	-0.0022	0.0054	0.0237	0.0132	0.044	-28.8756	-11.3255	30.7125
2	0.0012	-0.0131	0.0038	0.1534	-0.0377	0.0164	0.0266	-0.0052	0.0064	-0.036	0.0288	0.0768	0.0627	0.037	0.0097	0.0384	0.0053	-0.0204	0.0538	0.0012	0.0552	-30.5575	-14.542	36.236
3	0.0037	0.0019	0.0028	0.0016	0.0024	0.0038	0.0002	-0.001	0.0027	0.0038	0.0062	0.0017	-0.0062	-0.0063	0.0652	0.0269	0.0061	0.0155	0.0026	-0.0006	0.006	-28.3234	-5.6671	38.3166
4	0.0193	0.0089	-0.0091	0.0399	0.0177	0.0178	0.0002	-0	-0.0101	-0.0029	0.0068	-0.0212	-0.0001	0.0197	0.0129	0.0196	-0.0175	-0.0088	0.0549	-0.0097	0.049	-18.8479	-3.1521	42.3006
5	0.0211	0.0548	-0.0499	0.1427	-0.1295	0.1173	-0.0072	-0.0109	0.0053	-0.0317	-0.0591	-0.0573	-0.0108	0.0654	-0.0238	0.0592	0.0163	0.0096	0.0649	-0.0147	0.0567	-22.0639	-7.0351	37.7048
6	0.1249	0.0453	0.0726	0.0344	0.0127	0.2641	-0.0454	-0.0253	-0.01	-0.0013	-0.0108	-0.0196	-0.0352	-0.0178	-0.0977	0.0357	-0.0145	-0.0171	0.0421	0.0176	0.0443	-26.7183	-12.2399	44.1156
7	0.1922	0.1196	0.1409	0.0854	0.1216	0.2078	-0.0259	-0.0067	0.0254	-0.0008	-0.0111	0.0116	-0.0092	-0.0079	-0.081	0.0274	-0.0124	-0.0057	0.0239	0.0161	0.0297	-25.6165	-15.0589	53.4876
8	0.018	-0.0161	0.0023	0.0145	-0.0025	0.0051	-0.0033	0.0038	0.0099	0.0069	-0.0003	-0.0124	-0.0017	0.0024	-0.1066	0.0165	-0.0038	-0.0061	0.0187	0.007	0.0278	-30.8382	-18.2396	46.333
9	0.0014	-0.0001	-0.0041	0.0974	0.0567	0.0462	0.0297	0.0259	-0.0104	0.0172	0.0487	-0.0735	0.0695	0.007	0.0143	0.0683	-0.0232	-0.0064	0.0382	-0.0129	0.0523	-34.1958	-4.1579	17.9168
10	0.0026	0.0157	0.0068	0.1014	0.0431	0.0176	0.0204	0.0001	0.0034	0.0948	0.0278	0.0006	-0.0012	-0.0632	0.0046	0.0466	0.0079	-0.0037	0.0699	0.0251	0.0461	-43.5143	2.9567	15.274
11	0.0501	-0.0367	0.0278	0.0601	0.0292	0.0875	0.0228	0.0256	-0.0253	-0.0118	0.0191	0.0387	-0.0269	0.0366	0.0127	0.0525	0.028	0.0073	0.0497	0.0154	0.0326	-35.6593	-0.4267	5.7658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 8 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 9 THROUGH 29 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 30 THROUGH 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 50 THROUGH 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 60 THROUGH 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 78 THROUGH 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 99 THROUGH 108 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 109 THROUGH 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 1 THROUGH 45 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 46 THROUGH 77 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 78 THROUGH 123 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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