[日本語] English
- PDB-4bwt: Three-dimensional structure of Paracoccus pantotrophus pseudoazur... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwt
タイトルThree-dimensional structure of Paracoccus pantotrophus pseudoazurin at pH 6.5
要素PSEUDOAZURIN
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Freire, F. / Mestre, A. / Pinho, J. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Pauleta, S.R. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Exploring the Surface Determinants of Paracoccus Pantotrophus Pseudoazurin
著者: Freire, F. / Mestre, A. / Pinho, J. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Pauleta, S.R. / Romao, M.J.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PSEUDOAZURIN
B: PSEUDOAZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2288
ポリマ-26,7162
非ポリマー5116
7,891438
1
A: PSEUDOAZURIN
B: PSEUDOAZURIN
ヘテロ分子

A: PSEUDOAZURIN
B: PSEUDOAZURIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,45616
ポリマ-53,4334
非ポリマー1,02312
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.280, 57.870, 67.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 PSEUDOAZURIN


分子量: 13358.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80401
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 3.0 - 3.2 M AMMONIUM SULPHATE, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→27.85 Å / Num. obs: 32561 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 11.8 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ERX
解像度: 1.76→27.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.551 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20631 1653 5.1 %RANDOM
Rwork0.1659 ---
obs0.16801 30907 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.227 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.34 Å2
2--0.43 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→27.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 22 438 2325
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0191985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1551.9892694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92734494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7615264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54325.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3115366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.599156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.720.5831005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7170.5821004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1460.871259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8530.785980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 116 -
Rwork0.208 2258 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3128-0.76550.51753.9685-0.85420.9398-0.0252-0.01630.0171-0.0384-0.0310.0458-0.0686-0.03940.05620.0378-0.0124-0.01220.0347-0.00280.0442-1.337433.323710.7359
21.49861.1618-1.2682.4092-1.05731.1277-0.0490.0962-0.046-0.02760.0652-0.04270.0795-0.0507-0.01610.05020.0149-0.02960.045-0.02220.07955.228619.98657.9029
31.2494-0.52030.53330.46550.08950.68010.0350.0294-0.0437-0.0178-0.0176-0.0029-0.0309-0.0108-0.01750.03620.0019-0.00680.0402-0.00020.03915.608724.144712.3263
41.1076-0.58030.80540.6355-0.80741.14410.0842-0.10710.0386-0.1843-0.0913-0.01190.06940.13950.00710.2836-0.01950.00910.0957-0.00990.01166.269939.977314.5529
52.77474.20691.61968.64972.43551.6621-0.0539-0.14470.1195-0.0943-0.05360.1279-0.0765-0.07640.10750.05550.0018-0.0140.0232-0.01520.0238-2.687139.898115.7794
61.3771-0.58931.40843.20041.20142.54570.01560.0123-0.0605-0.0852-0.04180.179-0.0356-0.01120.02620.027-0.02050.00060.03730.00720.0452-4.874223.598411.4887
70.78511.03041.01332.52913.5735.585-0.0014-0.0220.01920.0003-0.03060.0329-0.0016-0.0280.0320.0368-0.0132-0.00770.05020.00990.0329-2.015423.838520.2172
85.3872-1.46531.54673.58480.03153.8794-0.0042-0.0741-0.2940.4193-0.0355-0.10270.07250.04690.03970.0688-0.011-0.01910.04280.01280.03465.382330.32928.9504
99.83075.12782.26238.09961.64750.5638-0.0454-0.15630.33390.1463-0.05860.28230.0188-0.03360.1040.1083-0.00490.04580.0329-0.00840.03261.012438.273929.4603
102.78052.3833.412.05982.92784.1840.1273-0.1862-0.01010.0906-0.1189-0.00150.1445-0.2184-0.00840.0258-0.03470.00630.09080.01790.0374-7.066424.705522.2865
114.95975.05312.68516.98752.0491.78550.0481-0.05450.03620.2081-0.0419-0.004-0.0231-0.1101-0.00620.0342-0.007-0.00490.08790.01870.0418-5.236634.982618.8207
120.4671-0.4863-0.3972.63962.772.9410.0210.0514-0.042-0.1733-0.06620.0535-0.1849-0.05520.04520.0764-0.0068-0.00080.0404-0.00330.00523.653540.466123.7165
130.8907-0.07770.03360.84660.41570.2114-0.0188-0.1206-0.07050.01630.00250.06920.0109-0.00490.01630.0401-0.0084-0.01650.05760.00680.05861.69722.262921.9904
140.5249-0.41640.58730.3983-0.62061.01060.1406-0.1524-0.0868-0.08630.04310.10920.09640.014-0.18370.0745-0.0578-0.0090.1543-0.00590.06656.305319.583320.6593
150.06540.649-0.03236.6667-0.91641.7064-0.01280.0035-0.0049-0.0810.024-0.0293-0.06420.0703-0.01120.0394-0.01310.00130.04130.00380.03846.817435.04419.1185
162.75780.99030.70791.02562.14875.54210.0117-0.04410.0778-0.23750.0389-0.0087-0.66430.0598-0.05050.1311-0.0190.01770.0716-0.04420.028710.830743.541823.842
171.7013-2.1896-0.935211.8863-3.23492.68930.0532-0.18260.16060.1804-0.0155-0.3322-0.14660.2239-0.03770.0307-0.0052-0.02140.0489-0.02480.04715.611235.10927.0601
180.2050.5455-0.53063.9302-0.72271.5687-0.0138-0.0561-0.00370.10070.0302-0.08730.06530.188-0.01640.04260.0119-0.01650.05090.01260.022313.222722.569825.3333
190.39670.56040.03684.51862.03482.1148-0.09790.0622-0.0635-0.0220.02630.04950.02130.1450.07160.0419-0.00410.02810.06360.0020.027313.967325.80918.5896
203.4911-0.1059-1.03522.3109-0.82750.62670.0986-0.02520.11070.0283-0.0954-0.0733-0.04010.0438-0.00330.0467-0.0254-0.00170.03280.0040.027614.403935.677616.7102
211.334-0.37250.543811.18771.09730.3625-0.0105-0.0214-0.0626-0.03470.02450.1121-0.0084-0.0082-0.0140.0361-0.00810.00710.0316-0.00190.02138.929827.1359-2.6798
221.981-0.1439-3.34823.0179-2.45338.0788-0.04150.08950.06760.12580.16770.025-0.0309-0.3026-0.12620.04170.0025-0.00630.01930.00730.05297.610440.47994.3007
230.303-0.1669-0.0543.2011.49470.7002-0.06640.04030.10450.05480.03430.04240.02040.01440.03220.049-0.0004-0.00760.05220.00710.050212.054638.39043.0256
243.6253-2.5601-0.7974.6638-0.61010.65690.0525-0.0958-0.0284-0.2358-0.088-0.05640.06860.08360.03540.027-0.0017-0.00450.03560.00680.04514.0124.82274.8241
256.4684-1.64033.2310.6172-0.97462.63950.06530.1047-0.2566-0.0033-0.06620.09730.0375-0.03470.00090.043-0.0012-0.00520.0322-0.0160.071714.810617.1149-2.8326
260.9972-2.00560.25949.40281.3092.4309-0.0525-0.0724-0.0657-0.150.1186-0.0104-0.09140.0047-0.0660.0355-0.0113-0.00250.02940.00670.024310.808529.5474-5.9322
275.2449-2.2432-0.27982.42411.92132.2318-0.0049-0.09160.125-0.08870.0142-0.0513-0.1036-0.018-0.00930.05250.0104-0.01590.01820.01470.03569.763941.4312-6.2312
284.5845-2.58750.4522.4103-1.04630.75460.0495-0.08370.0775-0.1059-0.0376-0.0632-0.00520.0593-0.01190.11670.0030.03550.0327-0.00580.047523.999532.8779-5.0705
291.9923-2.76660.41115.8625-0.07610.20640.07840.0810.1144-0.1176-0.1038-0.17840.01340.02120.02540.00880.0060.0150.04510.01990.065728.287225.2004-2.3922
302.5967-5.41420.903612.9022-4.18853.60740.14340.08540.0688-0.2706-0.195-0.16790.00660.04940.05160.0094-0.00030.00550.03750.00010.03823.976429.034-9.8794
3110.1453-1.9063-0.70380.3680.23633.17160.06470.35540.2344-0.0301-0.0567-0.03420.10830.0713-0.0080.0821-0.0082-0.02860.04730.02430.02113.954538.0141-13.2515
320.3399-1.15330.69724.1943-1.60183.53270.01930.0417-0.0033-0.0535-0.06820.02610.01750.24750.04890.01860.01140.00070.0549-0.00470.047415.224225.3289-8.8413
330.3886-0.72870.0381.4453-0.28710.6317-0.0091-0.0007-0.02930.035-0.020.0334-0.04390.09150.02920.0170.00210.00040.0436-0.00350.049522.073926.7779-2.4858
341.12840.35410.61963.873-0.26910.3975-0.01240.16020.1952-0.0687-0.08410.1396-0.00060.10680.09660.0498-0.0151-0.01450.05440.01050.052619.841143.0108-0.9482
350.4941-0.6274-0.2175.9878-0.11640.1250.005-0.0642-0.01460.0391-0.0138-0.0295-0.00690.0360.00880.0357-0.0031-0.01080.04060.00040.047918.651530.49242.7385
369.53010.2130.30710.2724-1.02784.231-0.0456-0.0852-0.2338-0.00650.03480.00170.1587-0.00190.01080.090.07140.01730.06090.01440.068823.483717.19294.3911
370.7286-0.07280.52395.79740.73984.0135-0.0427-0.01620.00570.14950.1851-0.18720.08260.1745-0.14250.01110.0176-0.01310.0508-0.00620.052429.050325.36097.3693
380.3871-1.1033-0.04313.5796-0.73271.7130.02060.03780.02390.0664-0.1497-0.1486-0.21060.08350.12910.0436-0.0314-0.01050.0381-0.00660.075427.27338.88086.1331
391.675-1.42320.54632.132-1.58913.2198-0.0668-0.0948-0.02280.180.02870.0314-0.1010.10070.03810.0316-0.01040.00470.0265-0.00650.036322.347935.78778.7353
400.13030.082-0.59252.78350.92043.3825-0.0217-0.0029-0.01480.07170.0116-0.06920.0801-0.00890.01010.03920.0130.00650.02520.020.050119.401826.844910.4735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3A14 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4A22 - 26
5X-RAY DIFFRACTION5A27 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6A33 - 38
7X-RAY DIFFRACTION7A39 - 44
8X-RAY DIFFRACTION8A45 - 48
9X-RAY DIFFRACTION9A49 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10A55 - 62
11X-RAY DIFFRACTION11A63 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12A69 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13A76 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14A82 - 86
15X-RAY DIFFRACTION15A87 - 92
16X-RAY DIFFRACTION16A93 - 98
17X-RAY DIFFRACTION17A99 - 104
18X-RAY DIFFRACTION18A105 - 112
19X-RAY DIFFRACTION19A113 - 117
20X-RAY DIFFRACTION20A118 - 123
21X-RAY DIFFRACTION21B1 - 7
22X-RAY DIFFRACTION22B8 - 13
23X-RAY DIFFRACTION23B14 - 19
24X-RAY DIFFRACTION24B20 - 24
25X-RAY DIFFRACTION25B25 - 30
26X-RAY DIFFRACTION26B31 - 35
27X-RAY DIFFRACTION27B36 - 41
28X-RAY DIFFRACTION28B42 - 46
29X-RAY DIFFRACTION29B47 - 52
30X-RAY DIFFRACTION30B53 - 57
31X-RAY DIFFRACTION31B58 - 62
32X-RAY DIFFRACTION32B63 - 68
33X-RAY DIFFRACTION33B69 - 79
34X-RAY DIFFRACTION34B80 - 84
35X-RAY DIFFRACTION35B85 - 91
36X-RAY DIFFRACTION36B92 - 97
37X-RAY DIFFRACTION37B98 - 103
38X-RAY DIFFRACTION38B104 - 111
39X-RAY DIFFRACTION39B112 - 116
40X-RAY DIFFRACTION40B117 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る