+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bml | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | C-alpha backbone trace of major capsid protein gp39 found in marine virus Syn5. | ||||||
要素 | MAJOR CAPSID PROTEIN | ||||||
キーワード | VIRUS / MARINE VIRUS / OUTER CAPSID PROTEIN / MATURATION | ||||||
機能・相同性 | Major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SYNECHOCOCCUS PHAGE SYN5 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F, G | ||||||
データ登録者 | Gipson, P. / Baker, M.L. / Raytcheva, D. / Haase-Pettingell, C. / Piret, J. / King, J. / Chiu, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: Protruding knob-like proteins violate local symmetries in an icosahedral marine virus. 著者: Preeti Gipson / Matthew L Baker / Desislava Raytcheva / Cameron Haase-Pettingell / Jacqueline Piret / Jonathan A King / Wah Chiu / 要旨: Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by ...Marine viruses play crucial roles in shaping the dynamics of oceanic microbial communities and in the carbon cycle on Earth. Here we report a 4.7-Å structure of a cyanobacterial virus, Syn5, by electron cryo-microscopy and modelling. A Cα backbone trace of the major capsid protein (gp39) reveals a classic phage protein fold. In addition, two knob-like proteins protruding from the capsid surface are also observed. Using bioinformatics and structure analysis tools, these proteins are identified to correspond to gp55 and gp58 (each with two copies per asymmetric unit). The non 1:1 stoichiometric distribution of gp55/58 to gp39 breaks all expected local symmetries and leads to non-quasi-equivalence of the capsid subunits, suggesting a role in capsid stabilization. Such a structural arrangement has not yet been observed in any known virus structures. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bml.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4bml.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bml_validation.pdf.gz | 833.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4bml_full_validation.pdf.gz | 841.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4bml_validation.xml.gz | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bml_validation.cif.gz | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bml | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| x 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| x 5||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|