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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bgx | |||||||||
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タイトル | H5 (VN1194) Influenza Virus Haemagglutinin in Complex with Human Receptor Analogue 6'-SLN | |||||||||
要素 | (HEMAGGLUTININヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / N-GLYCOSYLATION (N-結合型グリコシル化) / VIRUS RECEPTOR / BIRD FLU (鳥インフルエンザ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Xiong, X. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. ...Xiong, X. / Coombs, P. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Receptor Binding by a Ferret-Transmissible H5 Avian Influenza Virus. 著者: Xiong, X. / Coombs, P. / R Martin, S. / Liu, J. / Xiao, H. / Mccauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bgx.cif.gz | 218.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bgx.ent.gz | 176.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bgx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36950.766 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-340 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004(H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 由来タイプ: 天然 詳細: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) 由来: (天然) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス) Variant: A/VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 株: A/VIETNAM/1194/2004(H5N1) / 参照: UniProt: Q6DQ34 |
-糖 , 2種, 4分子
#3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose |
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#4: 糖 |
-非ポリマー , 2種, 212分子
#5: 化合物 | ChemComp-EPE / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
配列の詳細 | MULTIBASIC |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 0.05 M MGCL2, 28-30% PEG 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9173 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.48→37.15 Å / Num. obs: 32249 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2IBX 解像度: 2.48→37.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 13.959 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.792 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→37.18 Å
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拘束条件 |
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