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- PDB-4amu: Structure of ornithine carbamoyltransferase from Mycoplasma penet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4amu
タイトルStructure of ornithine carbamoyltransferase from Mycoplasma penetrans with a P321 space group
要素ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLICオルニチントランスカルバミラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE (オルニチントランスカルバミラーゼ) / HYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine deiminase pathway / オルニチントランスカルバミラーゼ / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine catabolic process to ornithine / amino acid binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
オルニチントランスカルバミラーゼ / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...オルニチントランスカルバミラーゼ / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase, catabolic
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOPLASMA PENETRANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gallego, P. / Benach, J. / Planell, R. / Querol, E. / Perez-Pons, J.A. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of the Enzymes Composing the Arginine Deiminase Pathway in Mycoplasma Penetrans.
著者: Gallego, P. / Planell, R. / Benach, J. / Querol, E. / Perez-Pons, J.A. / Reverter, D.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,4584
ポリマ－163,4584
非ポリマー00
水7,530418
1
A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC

A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC

A: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
B: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
C: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC
D: ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,37312
ポリマ－490,37312
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area51000 Å2
ΔGint-131.9 kcal/mol
Surface area128940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.648, 183.648, 117.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2020-

HOH

21B-2051-

HOH

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要素

#1: タンパク質
ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE, CATABOLIC / オルニチントランスカルバミラーゼ / ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / OTCASE


分子量: 40864.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOPLASMA PENETRANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8EVF5, オルニチントランスカルバミラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.42 Å / Num. obs: 77424 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.425 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 20.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 3753 5.1 %
Rwork0.1701 --
obs0.1724 74328 94.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.822 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6846 Å20 Å20 Å2
2--1.6846 Å20 Å2
3----3.3691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10772 0 0 418 11190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15414792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3644016
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5003-2.58960.32633150.25265631X-RAY DIFFRACTION76
2.5896-2.69330.27713260.22566272X-RAY DIFFRACTION85
2.6933-2.81590.27933540.20966908X-RAY DIFFRACTION93
2.8159-2.96430.24513470.1937147X-RAY DIFFRACTION95
2.9643-3.150.2453940.19337212X-RAY DIFFRACTION97
3.15-3.39320.21694030.17937324X-RAY DIFFRACTION98
3.3932-3.73450.20133900.15467381X-RAY DIFFRACTION99
3.7345-4.27460.17184060.13347481X-RAY DIFFRACTION99
4.2746-5.38460.17274010.1317513X-RAY DIFFRACTION100
5.3846-49.43450.20244170.16557706X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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