+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u64 | ||||||
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Title | The Crystal Structure of Tat-T (Tp0956) | ||||||
Components | Protein TP_0956 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Treponema pallidum / tetratrico peptide repeat / protein-protein interaction / syphilis / lipoprotein | ||||||
Function / homology | TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component / TRAP transporter T-component superfamily / TRAP transporter T-component / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / Uncharacterized protein TP_0956 Function and homology information | ||||||
Biological species | Treponema pallidum subsp. pallidum (syphilis treponeme) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Structural, Bioinformatic, and In Vivo Analyses of Two Treponema pallidum Lipoproteins Reveal a Unique TRAP Transporter. Authors: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Goldberg, M. / Schuck, P. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u64.cif.gz | 122.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u64.ent.gz | 96.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u64.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u64 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 12||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33716.078 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 23-323 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Treponema pallidum subsp. pallidum (syphilis treponeme) Strain: Nichols / Gene: tp0956, TP_0956 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O83922 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 9 Details: 30% PEG-400, 0.1 M Bicine, 0.2 M MgCl2, pH 9.0, vapor diffusion, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97758 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97758 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 15399 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 19.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.223 / Net I/σ(I): 16.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→29.953 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / Phase error: 25.04 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.06 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.46 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.66 Å2 / Biso mean: 49.1898 Å2 / Biso min: 21.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.953 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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