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万見
- PDB-1ort: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ort
タイトルORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
要素ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
キーワードTRANSFERASE / ORNITHINE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine deiminase pathway / ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / : / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain ...Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ornithine carbamoyltransferase, catabolic
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Villeret, V. / Dideberg, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa catabolic ornithine transcarbamoylase at 3.0-A resolution: a different oligomeric organization in the transcarbamoylase family.
著者: Villeret, V. / Tricot, C. / Stalon, V. / Dideberg, O.
履歴
登録1995年8月24日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
B: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
C: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
D: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
E: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
F: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
G: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
H: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
I: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
J: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
K: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
L: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)455,49912
ポリマ－455,49912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
G: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
H: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
I: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8753
ポリマ－113,8753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39810 Å2
手法PISA
3
B: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
F: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
J: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8753
ポリマ－113,8753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39810 Å2
手法PISA
4
C: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
D: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
K: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8753
ポリマ－113,8753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39800 Å2
手法PISA
5
A: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
E: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
L: ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8753
ポリマ－113,8753
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area39800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.360, 126.420, 134.540
Angle α, β, γ (deg.)85.07, 59.24, 111.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THE ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE IS A DODECAMER COMPOSED OF TWELVE MONOMERS RELATED BY THE 23 POINT GROUP SYMMETRY. THE DEPOSITOR PROVIDED COORDINATES CORRESPONDING TO ONE MONOMER. THE DODECAMER WAS GENERATED BY THE PDB USING THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY ROTATION MATRICES PROVIDED BY THE DEPOSITOR.

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要素

#1: タンパク質
ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE / ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / OTCASE


分子量: 37958.250 Da / 分子数: 12 / 変異: E105G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P08308, ornithine carbamoyltransferase
構成要素の詳細THE STRUCTURE IS NOT THE NATIVE ENZYME BUT A MUTANT FORM IN WHICH THE GLUTAMATE 105 HAS BEEN ...THE STRUCTURE IS NOT THE NATIVE ENZYME BUT A MUTANT FORM IN WHICH THE GLUTAMATE 105 HAS BEEN REPLACED BY A GLYCINE. THIS MUTANT IS BLOCKED IN THE R STATE CONFORMATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
124 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1reservoir
350 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
41 mMdithiothreitol1reservoir
51 mMEDTA1reservoir
650 mMHEPES1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1993年1月20日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 92630 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射
*PLUS
Num. measured all: 116334

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR3位相決定
精密化解像度: 3→5.5 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.216 -
obs0.216 65411
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31968 0 0 0 31968
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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