+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zyk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of CALM (PICALM) ANTH domain | ||||||
要素 | PHOSPHATIDYLINOSITOL-BINDING CLATHRIN ASSEMBLY PROTEIN | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / ENDOBREVIN / SYNAPTOBREVIN / VAMP2 / VAMP3 / AP180 / PLASMA MEMBRANE (細胞膜) / ADAPTOR PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / membrane bending / RND3 GTPase cycle / vesicle cargo loading / endosome to plasma membrane transport vesicle / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / 1-phosphatidylinositol binding / regulation of terminal button organization / positive regulation of synaptic vesicle clustering ...regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / negative regulation of metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / membrane bending / RND3 GTPase cycle / vesicle cargo loading / endosome to plasma membrane transport vesicle / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / 1-phosphatidylinositol binding / regulation of terminal button organization / positive regulation of synaptic vesicle clustering / regulation of protein transport / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / regulation of synaptic vesicle transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / amyloid-beta clearance by transcytosis / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / regulation of vesicle size / synaptic vesicle maturation / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of protein localization to cell surface / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / positive regulation of dendrite extension / clathrin-dependent endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / parallel fiber to Purkinje cell synapse / dendrite morphogenesis / neurofibrillary tangle / クラスリン / regulation of synaptic vesicle endocytosis / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of amyloid-beta formation / 造血 / regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / クラスリン / vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / 軸索誘導 / receptor-mediated endocytosis / SNARE binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / tau protein binding / receptor internalization / small GTPase binding / SH3 domain binding / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / エンドサイトーシス / regulation of protein localization / シナプス小胞 / presynaptic membrane / postsynapse / postsynaptic membrane / vesicle / intracellular iron ion homeostasis / postsynaptic density / learning or memory / エンドソーム / エンドソーム / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 細胞膜 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, S.E. / Sahlender, D.A. / Graham, S.C. / Honing, S. / Robinson, M.S. / Peden, A.A. / Owen, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2011 タイトル: The molecular basis for the endocytosis of small R-SNAREs by the clathrin adaptor CALM. 著者: Miller, S.E. / Sahlender, D.A. / Graham, S.C. / Honing, S. / Robinson, M.S. / Peden, A.A. / Owen, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zyk.cif.gz | 237.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3zyk.ent.gz | 191.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zyk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyk | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33528.551 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTH DOMAIN, RESIDUES 1-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX 4T2 CALMANTH(1-289) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O55012 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL GSPIGIH SEQUENCE IS RESIDUAL FROM AFFINITY TAG AND CLONING. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING EQUAL AMOUNTS (200-400 NL) OF PROTEIN (15 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.4, 120 MM NACL, 4 MM DTT) AND RESERVOIR SOLUTION (100 MM BIS TRIS PROPANE, ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING EQUAL AMOUNTS (200-400 NL) OF PROTEIN (15 MG/ML IN 20 MM HEPES PH 7.4, 120 MM NACL, 4 MM DTT) AND RESERVOIR SOLUTION (100 MM BIS TRIS PROPANE, 200 MM SODIUM MALONATE, 20% (W/V) PEG 3350) AND EQUILIBRATED AGAINST 80 UL OF RESERVOIR SOLUTION AT 16C. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED BY BRIEF IMMERSION (5-60 S) IN RESERVOIR SOLUTION SUPPLEMENTED WITH 25% GLYCEROL AND WERE RAPIDLY CRYOCOOLED IN LIQUID N2 OR A 100 K STREAM OF N2 GAS. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→73.5 Å / Num. obs: 64198 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 25.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HF8 解像度: 1.8→40.009 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.677 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.69 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.009 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|