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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zwi | |||||||||
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タイトル | RECOMBINANT NATIVE CYTOCHROME C PRIME FROM ALCALIGENES XYLOSOXIDANS: CARBON MONOOXIDE BOUND AT 1.25 A:UNRESTRAINT REFINEMENT | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C' | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / HAEMOPROTEIN / 4-HELIX BUNDLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Antonyuk, S. / Rustage, N. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Carbon Monoxide Poisoning is Prevented by the Energy Costs of Conformational Changes in Gas-Binding Haemproteins. 著者: Antonyuk, S.V. / Rustage, N. / Petersen, C.A. / Arnst, J.L. / Heyes, D.J. / Sharma, R. / Berry, N.G. / Scrutton, N.S. / Eady, R.R. / Andrew, C.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zwi.cif.gz | 83.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zwi.ent.gz | 62 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zwi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zwi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zwi_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zwi_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ykzC 2yl0C 2yl1C 2yl3C 2yl7C 2yldSC 2ylgC 2yliC 3zqvC 3zqyC 3ztmC 3ztzC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 13631.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ACHROMOBACTER XYLOSOXIDANS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00138 |
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#5: 糖 | ChemComp-ASC / |
-非ポリマー , 4種, 259分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CMO / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, HEPES BUFFER., pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月12日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→36.9 Å / Num. obs: 40961 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 81.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YLD 解像度: 1.25→10 Å / Num. parameters: 269 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 47 / Occupancy sum hydrogen: 913.5 / Occupancy sum non hydrogen: 1248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→10 Å
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拘束条件 |
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