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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zra | ||||||
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タイトル | Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators | ||||||
要素 | PROGESTERONE RECEPTORプロゲステロン受容体 | ||||||
キーワード | HORMONE RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / 傍分泌 / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lusher, S.J. / Raaijmakers, H.C.A. / Vu-Pham, D. / Dechering, K. / Wai Lam, T. / Brown, A.R. / Hamilton, N.M. / Nimz, O. / Azevedo, R. / McGuire, R. ...Lusher, S.J. / Raaijmakers, H.C.A. / Vu-Pham, D. / Dechering, K. / Wai Lam, T. / Brown, A.R. / Hamilton, N.M. / Nimz, O. / Azevedo, R. / McGuire, R. / Oubrie, A. / de Vlieg, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural basis for agonism and antagonism for a set of chemically related progesterone receptor modulators. 著者: Lusher, S.J. / Raaijmakers, H.C. / Vu-Pham, D. / Dechering, K. / Lam, T.W. / Brown, A.R. / Hamilton, N.M. / Nimz, O. / Bosch, R. / McGuire, R. / Oubrie, A. / de Vlieg, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zra.cif.gz | 213 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zra.ent.gz | 172.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zra.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/3zra | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29968.098 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 678-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06401 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 20-30% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1M HEPES PH 6.5, 100 MM MG2SO4, 10% GLYCEROL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28.11 Å / Num. obs: 38129 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 95.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→28.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.732 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.12 Å
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拘束条件 |
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