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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zp6 | |||||||||
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タイトル | INFLUENZA VIRUS (VN1194) H5 E190D mutant HA with LSTc | |||||||||
要素 | (HAEMAGGLUTININヘマグルチニン) x 2 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, J. / Stevens, D.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2013 タイトル: Changes in the Hemagglutinin of H5N1 Viruses During Human Infection - Influence on Receptor Binding. 著者: Crusat, M. / Liu, J. / Palma, A.S. / Childs, R.A. / Liu, Y. / Wharton, S.A. / Lin, Y.P. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Matrosovich, M. / Chen, Z. / Stevens, D.J. / Hien, V.M. / Thanh, T.T. / ...著者: Crusat, M. / Liu, J. / Palma, A.S. / Childs, R.A. / Liu, Y. / Wharton, S.A. / Lin, Y.P. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Matrosovich, M. / Chen, Z. / Stevens, D.J. / Hien, V.M. / Thanh, T.T. / Nhu, L.N.T. / Nguyet, L.A. / Ha, D.Q. / van Doorn, H.R. / Hien, T.T. / Conradt, H.S. / Kiso, M. / Gamblin, S.J. / Chai, W. / Skehel, J.J. / Hay, A.J. / Farrar, J. / De Jong, M.D. / Feizi, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zp6.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zp6.ent.gz | 167.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zp6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38480.773 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 1-340 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) 株: VIETNAM/1194/2004 (H5N1) 解説: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) Variant: VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 器官 (発現宿主): EGG / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 18390.303 Da / 分子数: 1 断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-506 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) 株: VIETNAM/1194/2004 (H5N1) 解説: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC) Variant: VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 器官 (発現宿主): EGG / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34 | ||
#3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose | ||
#4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.05 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.9715 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9715 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 27780 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 4.3 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
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