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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zo1 | ||||||
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タイトル | The Synthesis and Evaluation of Diazaspirocyclic Protein Kinase Inhibitors | ||||||
要素 | (CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE ...プロテインキナーゼA) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cAMP-dependent protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / protein kinase A signaling / negative regulation of TORC1 signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BOS TAURUS (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Allen, C.E. / Chow, C.L. / Caldwell, J.J. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L. / Collins, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2013 タイトル: Synthesis and evaluation of heteroaryl substituted diazaspirocycles as scaffolds to probe the ATP-binding site of protein kinases. 著者: Allen, C.E. / Chow, C.L. / Caldwell, J.J. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L. / Collins, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zo1.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zo1.ent.gz | 131.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zo1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zo1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE ... , 2種, 2分子 AI
#1: タンパク質 | 分子量: 40917.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00517, プロテインキナーゼA |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 6-23 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) BOS TAURUS (ウシ) / 参照: UniProt: Q3SX13 |
-非ポリマー , 4種, 405分子
#3: 化合物 | ChemComp-SIJ / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.07 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6.5 詳細: 25MM MES-BISTRIS PH6.5, 75MM LICL, 1MM DTT, 0.1MM EDTA, 1.5MM MEGA8; 4 DEGREE CELSIUS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→55.42 Å / Num. obs: 31064 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2GFC 解像度: 2→55.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9549 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9308 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.153 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.124 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→55.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Total num. of bins used: 16
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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