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万見
- PDB-3wx1: Mouse Cereblon thalidomide binding domain, selenomethionine derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wx1
タイトルMouse Cereblon thalidomide binding domain, selenomethionine derivative
要素Protein cereblon
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zinc Finger (ジンクフィンガー) / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination ...negative regulation of large conductance calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / locomotory exploration behavior / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / perinuclear region of cytoplasm / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain ...Peptide methionine sulfoxide reductase. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Mori, T. / Ito, T. / Hirano, Y. / Yamaguchi, Y. / Handa, H. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the human Cereblon-DDB1-lenalidomide complex reveals basis for responsiveness to thalidomide analogs
著者: Chamberlain, P.P. / Lopez-Girona, A. / Miller, K. / Carmel, G. / Pagarigan, B. / Chie-Leon, B. / Rychak, E. / Corral, L.G. / Ren, Y.J. / Wang, M. / Riley, M. / Delker, S.L. / Ito, T. / Ando, ...著者: Chamberlain, P.P. / Lopez-Girona, A. / Miller, K. / Carmel, G. / Pagarigan, B. / Chie-Leon, B. / Rychak, E. / Corral, L.G. / Ren, Y.J. / Wang, M. / Riley, M. / Delker, S.L. / Ito, T. / Ando, H. / Mori, T. / Hirano, Y. / Handa, H. / Hakoshima, T. / Daniel, T.O. / Cathers, B.E.
履歴
登録2014年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3738
ポリマ－24,8582
非ポリマー5156
水2,306128
1
A: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6874
ポリマ－12,4291
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein cereblon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6874
ポリマ－12,4291
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.112, 118.112, 118.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

SO4

21A-502-

SO4

31B-502-

SO4

41B-502-

SO4

51A-607-

HOH

61B-648-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein cereblon / Protein PiL


分子量: 12429.062 Da / 分子数: 2 / 断片: Cereblon(CRBN), UNP residues 322-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crbn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C7D2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7
詳細: 0.1M sodium acetate (pH 5.7), 0.2M sodium sulphate, 12% PEG3350, 30% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97911, 0.99513, 0.97941
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.995131
30.979411
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 20774 / Num. obs: 20774 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.93→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.183 / SU ML: 0.092 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21224 1066 5.1 %RANDOM
Rwork0.18935 ---
obs0.19057 19657 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 22 128 1762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9931.9572279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.36233612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1625204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.81623.62158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03215264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.025154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.02377
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5313.904825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5313.901824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5955.8221026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5945.8251027
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4074.327850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3114.33835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7516.341230
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.4632.4021853
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.34732.1691820
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.929→1.979 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 67 -
Rwork0.246 1453 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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